<div dir="ltr"><div dir="ltr" style="color:rgb(33,33,33);font-family:&#39;helvetica neue&#39;,helvetica,arial,sans-serif;font-size:13px"><div>Hi<span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span>GROMACS<span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span>users,</div><div><br></div><div>The second beta<span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span><span class="inbox-inbox-lG" style="outline:transparent dashed 1px;background-color:rgba(251,246,167,0.498039)">release</span><span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span>of<span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span>GROMACS<span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span>2016 is available! We are making this available to you to get an early taste of how<span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span>GROMACS<span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span>2016 will look and work, and most importantly to get feedback from you about how well things work. While we try our hardest to keep the quality of<span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span>GROMACS<span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span>as high as possible, we’re human, we overlook things while doing other things, and we need your many pairs of eyes to help build a tool that we can all use to do good science! We really need you to test your kinds of simulation on your hardware, both for correctness and performance. This is particularly important if you are using &quot;interesting&quot; hardware or compilers, because we can&#39;t test all of them!</div><div><br></div><div>Please do not use this version for doing science you plan to publish - it needs more testing before it’s reliable enough for that. Similarly, please don’t use this version as a base for a project that bundles or forks<span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span>GROMACS.</div><div><br></div><div>What new things can you expect? (See the<span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span><span class="inbox-inbox-lG" style="outline:transparent dashed 1px;background-color:rgba(251,246,167,0.498039)">release</span><span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span><span class="inbox-inbox-lG" style="outline:transparent dashed 1px;background-color:rgba(251,246,167,0.498039)">notes</span><span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span>for more details.)<br></div><div>* the version numbering has changed to be the year of the<span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span><span class="inbox-inbox-lG" style="outline:transparent dashed 1px;background-color:rgba(251,246,167,0.498039)">release</span>, plus (in future) a patch number. GROMACS 2016 will be the initial<span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span><span class="inbox-inbox-lG" style="outline:transparent dashed 1px;background-color:rgba(251,246,167,0.498039)">release</span><span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span>from this branch, then GROMACS 2016.1 will have the set of bugs that have been fixed in GROMACS 2016, etc.<br></div>* various improvements to simulation performance</div><div dir="ltr" style="color:rgb(33,33,33);font-family:&#39;helvetica neue&#39;,helvetica,arial,sans-serif;font-size:13px">* a new SIMD portability layer permitting us to accelerate various minor kernels on the CPU, but also improved use of multi-threading - these will also often improve runs that use accelerators through better load balancing<br></div><div style="color:rgb(33,33,33);font-family:&#39;helvetica neue&#39;,helvetica,arial,sans-serif;font-size:13px">* improved GPU support (both OpenCL and CUDA), particularly for plain cutoff LJ interactions (10-15% faster), plus other minor improvements</div><div style="color:rgb(33,33,33);font-family:&#39;helvetica neue&#39;,helvetica,arial,sans-serif;font-size:13px">* OpenCL GPU support is now available with all combinations of MPI, thread-MPI and GPU sharing (ie. the same as CUDA)</div><div style="color:rgb(33,33,33);font-family:&#39;helvetica neue&#39;,helvetica,arial,sans-serif;font-size:13px">* SIMD acceleration for POWER8 and ARM64 CPUs<br></div><div dir="ltr"><div style="color:rgb(33,33,33);font-family:&#39;helvetica neue&#39;,helvetica,arial,sans-serif;font-size:13px">* enhancements to the pull code</div><div style="color:rgb(33,33,33);font-family:&#39;helvetica neue&#39;,helvetica,arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="color:rgb(33,33,33);font-family:&#39;helvetica neue&#39;,helvetica,arial,sans-serif;font-size:13px">Since the first beta, we&#39;ve fixed one major issue with how we used our new random number generator classes, and a collection of minor issues (new and old). See the release notes for details.</div><div style="color:rgb(33,33,33);font-family:&#39;helvetica neue&#39;,helvetica,arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><font color="#212121" face="helvetica neue, helvetica, arial, sans-serif">Just so you know, a fair bit of the work done since 5.1 has been re-organizational, rather than new features or faster performance. The SIMD support for new kernels has let us run faster across the board with moderate effort, but many of the payoffs are yet to come...</font><div style="color:rgb(33,33,33);font-family:&#39;helvetica neue&#39;,helvetica,arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="color:rgb(33,33,33);font-family:&#39;helvetica neue&#39;,helvetica,arial,sans-serif;font-size:13px">There’s lots of other new things, and old things removed - please see the link to the<span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span><span class="inbox-inbox-lG" style="outline:transparent dashed 1px;background-color:rgba(251,246,167,0.498039)">release</span><span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span><span class="inbox-inbox-lG" style="outline:transparent dashed 1px;background-color:rgba(251,246,167,0.498039)">notes</span>. All the content of<span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span>GROMACS<span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span>5.1.2 (plus several yet-to-be-<span class="inbox-inbox-lG" style="outline:transparent dashed 1px;background-color:rgba(251,246,167,0.498039)">released</span><span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span>bug fixes) is present, apart from features that have been removed.</div><div style="color:rgb(33,33,33);font-family:&#39;helvetica neue&#39;,helvetica,arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="color:rgb(33,33,33);font-family:&#39;helvetica neue&#39;,helvetica,arial,sans-serif;font-size:13px">If all goes to plan, we hope to ship the final 2016<span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span><span class="inbox-inbox-lG" style="outline:transparent dashed 1px;background-color:rgba(251,246,167,0.498039)">release</span><span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span>in June, but that relies on people joining in and helping us test! We hope you will consider making that contribution, so that we can continue to deliver high-quality free simulation software that will be useful to you on day 1.</div><div style="color:rgb(33,33,33);font-family:&#39;helvetica neue&#39;,helvetica,arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="color:rgb(33,33,33);font-family:&#39;helvetica neue&#39;,helvetica,arial,sans-serif;font-size:13px">You can find the code, manual,<span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span><span class="inbox-inbox-lG" style="outline:transparent dashed 1px;background-color:rgba(251,246,167,0.498039)">release</span><span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span><span class="inbox-inbox-lG" style="outline:transparent dashed 1px;background-color:rgba(251,246,167,0.498039)">notes</span>, installation instructions and testsuite at the links below.</div><div><br><div><font color="#212121" face="helvetica neue, helvetica, arial, sans-serif">Code: <a href="ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2016-beta2.tar.gz">ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2016-beta2.tar.gz</a></font></div><div><font color="#212121" face="helvetica neue, helvetica, arial, sans-serif">Documentation: <a href="http://manual.gromacs.org/documentation/2016-beta2/index.html">http://manual.gromacs.org/documentation/2016-beta2/index.html</a> (includes install guide, user guide, reference manual)</font></div><div><font color="#212121" face="helvetica neue, helvetica, arial, sans-serif">Release Notes: <a href="http://manual.gromacs.org/documentation/2016-beta2/ReleaseNotes/index.html">http://manual.gromacs.org/documentation/2016-beta2/ReleaseNotes/index.html</a></font></div><div><font color="#212121" face="helvetica neue, helvetica, arial, sans-serif">Test Suite: <a href="http://gerrit.gromacs.org/download/regressiontests-2016-beta2.tar.gz">http://gerrit.gromacs.org/download/regressiontests-2016-beta2.tar.gz</a></font></div><div><font color="#212121" face="helvetica neue, helvetica, arial, sans-serif"><br></font></div><div><font color="#212121" face="helvetica neue, helvetica, arial, sans-serif">Happy testing!</font></div></div><div><font color="#212121" face="helvetica neue, helvetica, arial, sans-serif"><br></font></div><div><font color="#212121" face="helvetica neue, helvetica, arial, sans-serif">Mark</font></div></div></div>