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<html>

Dear Daniele,

<p>thanks for the reply. I looked for those files and i found the functions.

I see that both do_fnbf and calc_bonds take the force variable( rvec&nbsp;

f []) as an argument so i assume that the force is calculated inside those

functions and then sum it up later (right ...???). You also put&nbsp; the

coordinates (rvec x[]) as an argument , i assume you have to use that in

order to calculate the force analytically.

<br>I am interested in the actual potential <i>before </i>you compute the

derivative ...and i have to say that i am still struggling to trace it

... i know that maybe i am asking too much but if you can remember (or

trace) the actual variable that holds the potential or the function that

holds the derivative it would be a great help!

<p>Thanks again

<p>Daniele Bemporad wrote:

<blockquote TYPE=CITE>Hi Giorgos

<br>I cannot remember now the exact names of the variables, but I can tell

<br>you this:

<br>do_md (in file md.c) calls do_force (in sim_util.c),

<br>do_force calls force (in force.c),

<br>force calls do_fnbf (in fnbf.c) for LJ and Coulombic and calc_bonds

(in

<br>bondfree.c) for bonds, angles and dihedrals. Remember there is a part

of

<br>the code written in assembler.

<br>Daniele

<p>On Thu, 8 May 2003, Giorgos Karvounis wrote:

<p>> Dear developers,

<br>> The forces are the negative derivatives of a potential function V

(r1,

<br>> r2, . . . , rN)...

<br>> i want to hack the code and save this potential but at the moment

i find

<br>> difficult to trace the file...

<br>> While i am still looking at the archives, i would be grateful if

you

<br>> could tell me which file contains the calculation of the force ...

i

<br>> also assume that there is a variable (maybe structure) that holds

the

<br>> sum of all the potentials ... can you please tell me which variable

to

<br>> look for?

<br>>

<br>> Thank you in advance

<br>>

<br>> Giorgos

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