<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">
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<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">
<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.0.6487.1">
<TITLE>Install and run Gromacs</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<!-- Converted from text/rtf format -->

<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Dear developer:</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">I have installed Gromacs in a linux cluster with myrinet. </FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Fellowing is the information:</FONT>
</P>

<P><FONT FACE=""Arial"">Linux 7.3, kernel: 2.4.18</FONT><FONT FACE="Times New Roman"> </FONT>

<BR><FONT FACE=""Arial"">MPICH 1.2.4 for mpi support</FONT><FONT FACE="Times New Roman"> </FONT>

<BR><FONT FACE=""Arial"">GNU compiler 2.96 and linker.</FONT>
</P>

<P><FONT FACE="Times New Roman">However, when running it by &quot;bsub -q linux_4p</FONT> <FONT FACE=""Arial"">mpijob-gm -n 4 mpirun ./</FONT><FONT FACE="Times New Roman">mdrun &#8230;&#8230;..&quot;</FONT>

<BR><FONT FACE="Times New Roman">I get this error:</FONT>

<BR><FONT FACE=""Arial"">-----------------------------------------------------------------------------<BR>
It seems that at least one rank invoked some MPI function before<BR>
invoking MPI_INIT. The only information that I can give is that it<BR>
was PID 3257 on host atlas11.nus.edu.sg.<BR>
-----------------------------------------------------------------------------</FONT>

<BR><FONT FACE="Times New Roman">It is very hard for me to understand this, since Gromacs surely will not do this. I have searched the achive of Gromacs and MPICH and found no answer.</FONT></P>

<P><FONT FACE="Times New Roman">Maybe it is a bug of MPICH or the compiler?</FONT>

<BR><FONT FACE="Times New Roman">Thanks in advance.</FONT>
</P>

<P><FONT FACE="Times New Roman">Li, Dawei</FONT>
</P>
<BR>

</BODY>
</HTML>