<div><font face="Arial" size="2">
<div dir="ltr" align="left"><font face="Arial" size="2"><font face="Arial" size="2"><span class="376501111-14052006">Dear all,</span></font></font></div>
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<div>
<div><font face="Arial" size="2"><span class="376501111-14052006">I tried to use g_energy to calculate potential energy in Gromacs 3.3. But surpringly, the program give the information as follows letting me to select:</span>
</font></div>
<div><font face="Arial" size="2"><span class="376501111-14052006"></span></font>&nbsp;</div>
<div><font face="Arial" size="2"><span class="376501111-14052006"><font color="#3366ff">&nbsp; Select the terms you want from the following list<br>-----------------------------------------------------<br>G96Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; G96Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper-Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
<br>Improper-Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>LJ-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>Kinetic-En.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Total-Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
<br>Pressure-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-XX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-XY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>Vir-XZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-YX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-YY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>Vir-YZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-ZX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-ZY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
<br>Vir-ZZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Pres-XX-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Pres-XY-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>Pres-XZ-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Pres-YX-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Pres-YY-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>Pres-YZ-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Pres-ZX-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Pres-ZY-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
<br>Pres-ZZ-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #Surf*SurfTen&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mu-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>Mu-Y&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mu-Z&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coul-SR:Protein-Protein <br>LJ-SR:Protein-Protein&nbsp;&nbsp; Coul-14:Protein-Protein LJ-14:Protein-Protein&nbsp;&nbsp; 
<br>Coul-SR:Protein-rest&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-SR:Protein-rest&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coul-14:Protein-rest&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>LJ-14:Protein-rest&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coul-SR:rest-rest&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-SR:rest-rest&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>Coul-14:rest-rest&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14:rest-rest&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; T-rest</font> </span>
</font></div>
<div><font face="Arial" size="2"><span class="376501111-14052006"></span></font>&nbsp;</div>
<div><font face="Arial" size="2"><span class="376501111-14052006">I tried to input &quot;Potential&quot; but failed to get results.</span></font></div>
<div><font face="Arial" size="2"><span class="376501111-14052006"></span></font>&nbsp;</div>
<div><font face="Arial" size="2"><span class="376501111-14052006">I tried in version 3.2.1&nbsp;and this program give&nbsp;<span class="197393011-14052006">selections with number</span>&nbsp;such as </span></font></div>
<div><font face="Arial" size="2"><span class="376501111-14052006">&nbsp;&nbsp; 1=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; G96Angle&nbsp;&nbsp; 2=&nbsp;&nbsp; Proper Dih.&nbsp;&nbsp; 3= Improper Dih.&nbsp;&nbsp; 4=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14<br>&nbsp;&nbsp; 5=&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp; 6=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; 7=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (LR)&nbsp;&nbsp; 8=&nbsp; Coulomb (SR)
<br>&nbsp;&nbsp; 9=&nbsp; Coul. recip.&nbsp; 10=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp; 11=&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp; 12=&nbsp; Total Energy<br>&nbsp; 13=&nbsp;&nbsp; Temperature&nbsp; 14=Pressure (bar)&nbsp; 15=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-XX&nbsp; 16=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-XY<br>&nbsp; 17=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-XZ&nbsp; 18=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-YX&nbsp; 19=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-YY&nbsp; 20=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-YZ
<br>&nbsp; 21=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-ZX&nbsp; 22=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-ZY&nbsp; 23=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-ZZ&nbsp; 24= Pres-XX (bar)<br>&nbsp; 25= Pres-XY (bar)&nbsp; 26= Pres-XZ (bar)&nbsp; 27= Pres-YX (bar)&nbsp; 28= Pres-YY (bar)<br>&nbsp; 29= Pres-YZ (bar)&nbsp; 30= Pres-ZX (bar)&nbsp; 31= Pres-ZY (bar)&nbsp; 32= Pres-ZZ (bar)
<br>&nbsp; 33= #Surf*SurfTen&nbsp; 34=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mu-X&nbsp; 35=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mu-Y&nbsp; 36=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mu-Z<br>&nbsp; 37=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; T-System&nbsp; 38=&nbsp;&nbsp; Lamb-System<br></span></font></div>
<div><font face="Arial" size="2"><span class="376501111-14052006">In this case, I can input &quot;10 0&quot; to calculate potential energy.</span></font></div>
<div><font face="Arial" size="2"><span class="376501111-14052006"></span></font>&nbsp;</div>
<div><font face="Arial" size="2"><span class="376501111-14052006"></span></font>&nbsp;</div>
<div><font face="Arial" size="2"><span class="376501111-14052006">So who has used this program&nbsp;<span class="197393011-14052006">in Gromacs 3.3 </span>and give me some guidance? If you are right, it means that there is something wrong in installation of Gromacs 
3.3.1 in my cluster. Thank you very much.</span></font></div>
<div><font face="Arial" size="2"><span class="376501111-14052006"></span></font>&nbsp;</div>
<div><span class="376501111-14052006"><font face="Arial" size="2">Zhongqiao Hu</font></span></div></div></div></font></div>