<div>Thank you David.</div>
<div>But if I want to read the part that really computes the LJ interaction between 2 atoms, which code should I look into?<br><br>&nbsp;</div>
<div><span class="gmail_quote">On 8/12/06, <b class="gmail_sendername">David van der Spoel</b> &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt; wrote:</span>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Chenyue Xing wrote:<br>&gt; Hi,<br>&gt;<br>&gt; I'm trying to read and study the part of code that computes the LJ
<br>&gt; interaction between particles but all I found are 'case eNR_INLxxxx'<br>&gt; stuff in fnbf.c. I thought when computing the distance between 2 atoms,<br>&gt; usually the function distance2( ) in vec.h is called, so that I was
<br>&gt; trying to locate the LJ code by looking for the places where distance2(<br>&gt; ) is called. I found few results.<br>&gt;<br>&gt; I really appreciate if anyone can point me to the LJ interaction code part.<br>&gt;
<br>for efficiency there are no function calls in the innerloops.<br>by the way, fnbf.c does not exist anymore in gromacs 3.3 and upwards.<br><br><br>&gt; Thanks a lot!<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; ------------------------------------------------------------------------
<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-developers mailing list<br>&gt; <a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org
</a>.<br><br><br>--<br>David.<br>________________________________________________________________________<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.
<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755<br><a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org
</a>&nbsp;&nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se">http://folding.bmc.uu.se</a><br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>_______________________________________________<br>gmx-developers mailing list
<br><a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br></blockquote></div><br>