<div>Hi all,</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>I'm trying to make the nonbonded interaction between 2 particles (let's say 2 water particles for now) z-dependent only. So I went into the innerloop code (v3.3.1) to change rsq to &quot;rsq = dz*dz&quot;. I changed this in mknb_innerloop.c so that it automatically updates all the nb_kernel files when being compiled. However, this doesn't seem to have different results from the original r-dependent interation. (meaning, with the same initial conditions, the systems ended up in the same final conditions)
</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>That sounds like not nb_kernelxxx_c.c codes are being used when doing simulations.</div>
<div>Can any expert help me with this issue?</div>
<div>If it's sth related Gromacs compiled w/ assembly compiler, how can disable asm for now? (guess I won't anyway be able to change any ASM related stuff)</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Thanks a lot!!</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>-Chenyue</div>