<div>Hi David, Erik&nbsp;and other developers,</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>You might remember I posted several questions related to the C codes (nb_kernelxyz) weeks ago.</div>
<div>I've been trying to make a z-dependent only LJ interaction.</div>
<div>Once I make rsq=dz*dz (instead of rsq=dx*dx+dy*dy+dz*dz), after a certain number of loops and steps, the coordinates of one neighbor atom get quite large (of the order of 10^5), making rsq even larger. As r is then used to computer the index of VFtab, nnn, this leads to a nnn of the order of 10^9 and of course, the program cannot reach the memory address of VFtab[1000000000]. So it goes to a segmentation fault.
</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>I really don't understand why a small change in rsq (my system is a 128 DPPC with water, total 4700 coarse-grained atoms, dx dy is usually around 1 nm for each step as printed out) will result in a sudden bump of&nbsp;pos[] (or rvec x[]) values. If you could shine some light on this issue, it will be very helpful.
</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>I appreciate your responses!</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Chenyue Xing</div>