<div>Hi everybody,</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>I want to prepare required hw for a Linux cluster to run dynamic molcular&nbsp;simulations such as GROMACS.&nbsp;Nowadays we have very advanced Dual-Core Opteron processors in the market that are&nbsp;suitable for high performance computing with good scalability for large clusters. For this reason I selected this type of processors for our Cluster, but when I saw your benchmarks I learned that your application (GROMACS simulation) doesn't have good scalability for Dual Core platform. From your benchmark table we saw that for single Opteron processor&nbsp;we have a performance about 393 picoseconds of simulation time per day (by Intel 8 compiler) and for single Opteron-DC we have&nbsp; performance about 450 instead of ideal expected&nbsp;performance about 2*393 (by&nbsp;gcc 3.4.3&nbsp;compiler) . According with these results and by considering cost per performance ratio it seems that Single-Core architecture is&nbsp;better
 than advanced Dual-Core architecture. If I am in a mistake, pls correct me. And if this conclusion is true, would you intend to improve your application so that it can utilize better the DC-Opteron platform. All we know that in the dual core platform we have two real core on one chipset, and&nbsp;to utilize this type of configuration the application should be aware from and tuned for it.</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>Any suggestion is appreciated,</div>  <div>Jahanbakhsh</div><p>&#32;__________________________________________________<br>Do You Yahoo!?<br>Tired of spam?  Yahoo! Mail has the best spam protection around <br>http://mail.yahoo.com