<div>Yeah. I printed r^2 out as well as all Zs. r^2 is really calculated based on Z.</div>
<div>So there's a r^2 calculation in neighborsearching too and it's somehow used in table look-up?<br><br>&nbsp;</div>
<div><span class="gmail_quote">On 10/18/06, <b class="gmail_sendername">David van der Spoel</b> &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt; wrote:</span>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Chenyue Xing wrote:<br>&gt; Hi Anton,<br>&gt;<br>&gt; Thanks for the nice suggestions.<br>&gt; As for the first possibility, I've been investigating and printed out
<br>&gt; all the zi, zj, but haven't got a clue yet.<br>&gt; As for the 2nd, the modified code still works in the same manner, that<br>&gt; rsq = z^2 and then take the sqrt, so a negative r should not be a problem.<br>&gt;
<br><br><br>have you checked r2 as well? I'm pretty sure it is the nieghboursearching.<br><br>&gt; If you have any other guess, please let me know. That will help a lot.<br>&gt;<br>&gt; Thank you !<br>&gt; Chenyue<br>&gt;
<br>&gt;<br>&gt; On 10/18/06, *Anton Feenstra* &lt;<a href="mailto:feenstra@few.vu.nl">feenstra@few.vu.nl</a><br>&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:feenstra@few.vu.nl">feenstra@few.vu.nl</a>&gt;&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Chenyue Xing wrote:
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; [...]<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Thank you for your discussion and I hope I can provide more info<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; soon so<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; that you might be able to give me more advices.<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; There are two problems I can think of that may be bothering you.
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; First is related to what David already mentioned: if you have an LJ-type<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; interaction and your z becomes very small, the resulting force is HUGE.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This can happen suddenly in your case when a particle enters the cutoff
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (as determined by the neighbourlist update), with relatively large x or<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; y, but small z.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Second is that r=z is not really equivalent to the 3D case, because<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; your<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; r can become negative (I haven't looked at the code, but I suspect
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; something like z=zi-zj for particle i and j). In the 3D case, you have<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; the squares and square-root. I can imagine that a negative r will not be<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; present in the lookup table ;-)<br>&gt;<br>
&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Groetjes,<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Anton<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; _____________ _______________________________________________________<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;_&nbsp;&nbsp; _&nbsp;&nbsp;___,| K. Anton Feenstra&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | / \ / \'| | | IBIVU/Bioinformatics - Vrije Universiteit Amsterdam&nbsp;&nbsp; |<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |(&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp; )| | | De Boelelaan 1083 - 1081A HV Amsterdam - Netherlands&nbsp;&nbsp;|
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | \_/ \_/ | | | Tel +31 20 59 87783 - Fax +31 20 59 87653 - Room P440 |<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | <a href="mailto:Feenstra@few.vu.nl">Feenstra@few.vu.nl</a> &lt;mailto:<a href="mailto:Feenstra@few.vu.nl">Feenstra@few.vu.nl
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<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755
<br><a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a>&nbsp;&nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se">http://folding.bmc.uu.se</a><br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
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