<div>Hi</div>
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<div>&nbsp;&nbsp; I am a user of GROMACS, and now I have a problem of using GROMACS in paralled. Could you please help me to solve the problem?<br>&nbsp; &nbsp;I have compiled GROMACS with MPI support: set the option --enable-mpi to the configure script and compile. &nbsp;And I can use the program called mpirun to run the GROMACS in paralled, but I can only run &nbsp;with less than 5 computing-nodes. When using more than 5 computing-node, some of the computing-node will run all the while ,and I have to kill the processes by myself. I want to know why it works like this, and how can I solve the problem?
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<div>&nbsp; I use the MPICH 1.2.7 on ROCKS 4.1, the GROMACS version is 3.3.1and using FFTW3.0.1</div>
<div>&nbsp; <br>&nbsp; Thank you &nbsp;very much!<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; </div>
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<div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2006-12-11</div>