I have posted the question using the <span class="gmail_quote">&lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;, but no reply. Therefore, I submit it here. </span><br><br>---------- Forwarded message ----------
<br><span class="gmail_quote">From: <b class="gmail_sendername">Qiao Baofu</b> &lt;<a href="mailto:qiaobf@gmail.com">qiaobf@gmail.com</a>&gt;<br>Date: 2006-12-9 ÏÂÎç7:50<br>Subject: Re: [gmx-users] Re: fudgeQQ (again ...) and fudgeLJ
<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br><br></span>Hi,<br>
<br>
I have just tested the fudgeQQ and fudgeLJ, and found one problem:<br>
I use the ffoplsaa force field, and add the atoms I used.(in the
ffolpsaanb.itp file, there is no [pairtype] section, and I only add the
atom informations:<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
; name&nbsp; bond_type&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp;&nbsp;&nbsp;
charge&nbsp;&nbsp;
ptype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
sigma&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; epsilon<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;
opls_966&nbsp;&nbsp; CT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.40000e-01&nbsp;
4.5770e-01) <br>
&nbsp;I write my .itp file by hand, in which in the [ pairs] section, I
write the pairs and the function, but don't give the values of C6 and
C12, that is,<br>
[ pairs ]<br>

; ai&nbsp; aj&nbsp;&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c6&nbsp;&nbsp;&nbsp; c12<br>

&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; 1 <br>
...........<br>
<br>
In the ffoplsaa.itp, I used <br>
; nbfunc &nbsp;&nbsp;&nbsp; comb-rule&nbsp;&nbsp;&nbsp; gen-pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp; fudgeLJ&nbsp;&nbsp; fudgeQQ<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
2&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;
yes&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&nbsp; 0.8333<br>
<br>
I used different values of fudgeLJ and fudgeQQ in the 4 tests, see the following <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
fudgeLJ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
fudgeQQ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; result (from .log file): &nbsp;
LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Coulomb-14<br>
1.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5 &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; 1.48e+02 &nbsp; &nbsp;
&nbsp;&nbsp; -8.896e+03<br>
2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;
1.96e+02 &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; -1.793e+04<br>
3.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.25 &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.25 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; 9.58e+01 &nbsp; &nbsp;
&nbsp;&nbsp; -4.43e+03&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
4. &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5 &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; 0.8333 &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; 1.96e+02 &nbsp;
&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.498e+04 <br>
<br>
The problem is that the LJ-14 doesn't change with the scaling factor of fudgeLJ. Why? <br>
<br>
Does it mean that I must give the C6 and C12 in the .itp file? If yes,
should the C6 and C12 scaled by the scaling factor (0.5) and &quot;gen-pairs
= no; fudgeLJ=1&quot; ?<br>
<br>
Another question is that in the .log file, what is the&nbsp; &quot;Disper.
corr.&quot;? What is the difference between it and the 1-4 interacion?<br>


<br clear="all"><br>-- <br>Sincerely yours,<br>**********************************************<br>Baofu Qiao, PhD<br>Frankfurt Institute for Advanced Studies<br>Max-von-Laue-Str. 1<br>60438 Frankfurt am Main, Germany <br>
TEL:+49-69-7984-7529<br>**********************************************