<div><div>Hi David,<br><br>Thanks for your kindly reply. I use the gmxdump to check the LJ-14 term in the test.tpr file, but find the it only lists the pairs, and the scaled parameters are not there. Can you tell me how to check the effect of the scaling factor?&nbsp; Thanks
<br><br>I use the combin-rule =2, not the default value 3 of ffoplsaa. But I don't know what is wrong with it. Can you explait it clearer? Thanks!<br><br>This morning, I did another set of tests:<br>I use the ffoplsaa force field. In the .itp file, I write the LJ-14 interaction parameter by hand, and scaled epsilon_{ij} by 
0.5. In the ffoplsaa.itp file, I used<br>&nbsp;; nbfunc &nbsp;&nbsp;&nbsp; comb-rule&nbsp;&nbsp;&nbsp; gen-pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp; fudgeLJ&nbsp;&nbsp; fudgeQQ<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; no &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; n &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.8333<br>I set n=1, 0.5, 0.25, 0.1. Then mdrun. But I get different LJ-14 energy in the .log file. 
<br><title></title><meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 2.0  (Linux)"><meta name="CREATED" content="20061211;11395400"><meta name="CHANGED" content="20061211;12275700">
        
        
        
        
        <style type="text/css">
        &lt;!--
                @page { margin: 2cm }
                P { margin-bottom: 0.21cm }
        --&gt;
        </style>




<p class="western" style="margin-bottom: 0cm;"><font size="2">1.&nbsp; fudgeLJ =1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </font>LJ-14= <font size="2">2.25122e+02</font>
</p><font size="2">2.</font><font size="2">&nbsp; fudgeLJ =0.5 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </font>LJ-14=<font size="2">1.53262e+02<br></font><font size="2">3. </font><font size="2">fudgeLJ =0.25 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </font>LJ-14=<font size="2">1.19950e+02
</font><font size="2"><br>4. </font><font size="2">fudgeLJ =0.1 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; </font>LJ-14= <font size="2">1.04176e+02</font><br><br>It is strange, even though I used genpairs =no, when I change the value of fudgeLJ, the LJ-14 energy change with the value (not linear!!)
<br> </div><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">---------------------------------------------------------------------<br><br>
Message: 1<br><br>for the effect of the scaling factor you should compare the tpr files.<br>the problem might also be that you have the wrong combination rule: 2 iso 3.<br><br>--<br>David.<br>_______________________________________________________________________
<br><br></blockquote></div>