<div>Hi</div>
<div>&nbsp;&nbsp; </div>
<div>
<div>&nbsp;&nbsp; I have the question&nbsp;about how to run GROMACS in parallel.</div>
<div>&nbsp; &nbsp;I use the GROMACS3.3.1&nbsp;, FFTW3.0.1 and MPICH1.2.7 on ROCKS 4.1.</div>
<div>&nbsp;&nbsp; I have compiled the GROMACS like this:</div>
<div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ./configure --enable-mpi --disable-nice </div>
<div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; make </div>
<div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; make install</div>
<div>&nbsp;&nbsp; And it can works well with less than 5 computing nodes,when using more than 5&nbsp;computing nodes,</div>
<div>some&nbsp;of the computing&nbsp;nodes will run all the while, and I have&nbsp;to kill&nbsp;the processes by&nbsp;myself.</div>
<div>&nbsp; How can&nbsp;&nbsp;I solve the problem?</div>
<div>&nbsp; Thank you !&nbsp;</div>
<div>&nbsp;</div></div>
<div>&nbsp;</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vivi</div>
<div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2006-12-15</div>