<div>Hi,</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>I have compiled the GROMACS in parallel, but when I run the mdrun :</div>
<div>&nbsp;&nbsp;&nbsp; grompp -np 3 -v -f em -c b4em -o em -p 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; mpiexec -n 3 mdrun -v -s em -o em -c after_em -g emlog</div>
<div>it comes the Fatal error:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; run input file em.tpr was made for 3 nodes,&nbsp;while mdrun expected it to be for 1 nodes.&nbsp;</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>I used the GROMACS3.3.1+FFTW3.0.1+LAM7.1.1</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>I compiled the gromacs :&nbsp;&nbsp; </div>
<div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ./configure --enbale-mpi --disable-nice</div>
<div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; make </div>
<div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nake install</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Could you help me to solve the problem?Thank you!</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Vivi</div>