<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>
<meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.MsoPlainText, li.MsoPlainText, div.MsoPlainText
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Plain Text Char";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:10.0pt;
        font-family:"Tahoma","sans-serif";}
span.PlainTextChar
        {mso-style-name:"Plain Text Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Plain Text";
        font-family:"Tahoma","sans-serif";}
span.EmailStyle19
        {mso-style-type:personal-compose;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page Section1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>
<!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapelayout v:ext="edit">
  <o:idmap v:ext="edit" data="1" />
 </o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>

<body lang=EN-US link=blue vlink=purple>

<div class=Section1>

<p class=MsoPlainText>&gt;For reference, the errors actually never occur is
nsgrid.c. However,&nbsp; <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;when your coordinates become invalid (usually NaN)
for some reason&nbsp; <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;like horribly bad structure, compiler bug, file IO
error, etc., the&nbsp; <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;first place we notice is when we try to put them on
the grid to do&nbsp; <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;neighborsearching.<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>Hi<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>Thank you all for your valuable inputs, I could manage to
fix the rename issue of &quot;temp.top&quot; to &quot;cpeptide.top&quot;.<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>Can anyone guide me in finding the clue for the <b>invalid
&quot;ci&quot; range</b> value issue. Probably I am missing out on some
important step. I would require your help in getting this issue resolved. <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText><b>An Observation:</b> While testing with the &#8220;demo&#8221;
script, If I&#8217;ll pass &#8220;10&#8221; as runtime parameter (Force Field)
to pdb2gmx (it asks for input), at least the FIRST PASS of &#8220;mdrun&#8221;
do not show the range check error. But it raises the same range boundary check
error in the 2<sup>nd</sup> pass of &#8220;mdrun&#8221;<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&gt;This error comes up all the time on all OS when
people haven't followed a sufficiently gentle minimization and equilibration
regime&lt;&lt;<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>Sorry to say but I am unaware of terms in molecular
dynamics so any guidance would be appreciated.<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>Please let me know your comments/suggestions.<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>----------------------------------------------------------------<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>Platform &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;
Native Windows 64-bit /AMD Opteron<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>Gromacs &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;
3.3.1<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>Build Env &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;
VS 2005<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>OS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;
Windows 2003 Server RC2 (SP1)<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>----------------------------------------------------------------<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>Thank You;<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>URPradhan At Gmail Dot Com<o:p></o:p></p>

</div>

</body>

</html>