Hi all,<br><br>I am trying to simulate multiple (2 or 3) tetrapeptides in a cage with Gromacs.<br><br>However, I would like to constrain the peptides to the centre of the box by enforcing a wall potential in which each of the atoms of the peptide feels a repulsive potential with respect to the edge of the box (or a spherical cage).
<br><br>I am wondering is Gromacs able to perform simulations with such conditions? Any other alternative suggestions with similar functions are greatly appreciated. <br><br>Many thanks.<br clear="all"><br>-- <br>Best regards,
<br>Huey Ling