<div dir="ltr">Hi,<br><br>now I get:<br>The maximum allowed number of cells is: X 0 Y 0 Z 5<br><br>Both with or without dlb. The system dimensions are the same in all three dimensions.<br><br>With the old binary it still works without dlb.<br>

I was using an old version of grompp but also with a current grompp I get this error. <br><br>Could
you send me your working tpr file? I would like to check whether it is
the input system our the different compilation/platform.<br>
<br>Because this is not only with this input<br><br>When I run the standard water tutor (without specifying -dd). I get<br>Optimizing the DD grid for 4 cells with a minimum initial size of 0.000 nm<br>Domain decomposition grid 4 x 0 x 0, separate PME nodes 0<br>

<br>with -dd 2 2 1<br>Making 2D domain decomposition 2 x 2 x 1<br>starting mdrun &#39;Pure Water&#39;<br>10000 steps,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.0 ps.<br>_pmii_daemon(SIGCHLD): PE 2 exit signal Segmentation fault<br><br>Roland<br><br><div class="gmail_quote">
On Mon, Jul 21, 2008 at 11:50 AM, Berk Hess &lt;<a href="mailto:hessb@mpip-mainz.mpg.de">hessb@mpip-mainz.mpg.de</a>&gt; wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi,<br>
<br>
There has been a bug like this about two weeks ago.<br>
It has been fixed for some time.<br>
But today I did a partial commit, which I only noticed now.<br>
<br>
With the current CVS I can run a system similar to yours<br>
with the same options.<br>
<br>
Could you try CVS update and recompile and run again?<br>
<br>
Berk.<br>
<br>
<br>
Roland Schulz wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="Wj3C7c">
Hi,<br>
<br>
I get the error:<br>
Fatal error:<br>
Step 0: The X-size (0.000000) times the triclinic skew factor (1.000000) is smaller than the smallest allowed cell size (1.200000) for domain decomposition grid cell 0 0 0<br>
<br>
I don&#39;t quite understand the initialization of cell_x1, cell_x0, thus have problems to find out the cause.<br>
<br>
This is with RF and mdrun options -nosum -dlb<br>
<br>
I tested both revision 1.145 and 1.148 of domdec.c. (all other files today version) Thus it is not the recent fatal-fix or 2d PME preparation.<br>
<br>
The simulation runs find without dlb.<br>
<br>
Where should I start looking why the size is 0?<br>
<br>
The below md.log file is for 1M atoms and 256 cores but it crashes the same with a subsystem of 4200 atoms and 16 cores.<br>
<br>
Thanks<br>
Roland<br>
<br>
the md.log:<br>
<br>
<br>
parameters of the run:<br>
 &nbsp; integrator &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = md<br>
 &nbsp; nsteps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1000<br>
 &nbsp; init_step &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
 &nbsp; ns_type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Grid<br>
 &nbsp; nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 10<br>
 &nbsp; ndelta &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 2<br>
 &nbsp; nstcomm &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
 &nbsp; comm_mode &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Linear<br>
 &nbsp; nstcheckpoint &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1000<br>
 &nbsp; nstlog &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>
 &nbsp; nstxout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
 &nbsp; nstvout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
 &nbsp; nstfout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
 &nbsp; nstenergy &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
 &nbsp; nstxtcout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
 &nbsp; init_t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>
 &nbsp; delta_t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.002<br>
 &nbsp; xtcprec &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1000<br>
 &nbsp; nkx &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 72<br>
 &nbsp; nky &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 72<br>
 &nbsp; nkz &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 72<br>
 &nbsp; pme_order &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 4<br>
 &nbsp; ewald_rtol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1e-05<br>
 &nbsp; ewald_geometry &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>
 &nbsp; epsilon_surface &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
 &nbsp; optimize_fft &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = TRUE<br>
 &nbsp; ePBC &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = xyz<br>
 &nbsp; bPeriodicMols &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= FALSE<br>
 &nbsp; bContinuation &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= FALSE<br>
 &nbsp; bShakeSOR &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= FALSE<br>
 &nbsp; etc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= No<br>
 &nbsp; epc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= No<br>
 &nbsp; epctype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Isotropic<br>
 &nbsp; tau_p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1<br>
 &nbsp; ref_p (3x3):<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;ref_p[ &nbsp; &nbsp;0]={ 0.00000e+00, &nbsp;0.00000e+00, &nbsp;0.00000e+00}<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;ref_p[ &nbsp; &nbsp;1]={ 0.00000e+00, &nbsp;0.00000e+00, &nbsp;0.00000e+00}<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;ref_p[ &nbsp; &nbsp;2]={ 0.00000e+00, &nbsp;0.00000e+00, &nbsp;0.00000e+00}<br>
 &nbsp; compress (3x3):<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;compress[ &nbsp; &nbsp;0]={ 0.00000e+00, &nbsp;0.00000e+00, &nbsp;0.00000e+00}<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;compress[ &nbsp; &nbsp;1]={ 0.00000e+00, &nbsp;0.00000e+00, &nbsp;0.00000e+00}<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;compress[ &nbsp; &nbsp;2]={ 0.00000e+00, &nbsp;0.00000e+00, &nbsp;0.00000e+00}<br>
 &nbsp; refcoord_scaling &nbsp; &nbsp; = No<br>
 &nbsp; posres_com (3):<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;posres_com[0]= 0.00000e+00<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;posres_com[1]= 0.00000e+00<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;posres_com[2]= 0.00000e+00<br>
 &nbsp; posres_comB (3):<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;posres_comB[0]= 0.00000e+00<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;posres_comB[1]= 0.00000e+00<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;posres_comB[2]= 0.00000e+00<br>
 &nbsp; andersen_seed &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 815131<br>
 &nbsp; rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1.2<br>
 &nbsp; rtpi &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.05<br>
 &nbsp; coulombtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Reaction-Field<br>
 &nbsp; rcoulomb_switch &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
 &nbsp; rcoulomb &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.2<br>
 &nbsp; vdwtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Cut-off<br>
 &nbsp; rvdw_switch &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
 &nbsp; rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.2<br>
 &nbsp; epsilon_r &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1<br>
 &nbsp; epsilon_rf &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 78<br>
 &nbsp; tabext &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1<br>
 &nbsp; implicit_solvent &nbsp; &nbsp; = No<br>
 &nbsp; gb_algorithm &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Still<br>
 &nbsp; gb_epsilon_solvent &nbsp; = 80<br>
 &nbsp; nstgbradii &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1<br>
 &nbsp; rgbradii &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 2<br>
 &nbsp; gb_saltconc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
 &nbsp; gb_obc_alpha &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1<br>
 &nbsp; gb_obc_beta &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.8<br>
 &nbsp; gb_obc_gamma &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 4.85<br>
 &nbsp; sa_surface_tension &nbsp; = 2.092<br>
 &nbsp; DispCorr &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = No<br>
 &nbsp; free_energy &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no<br>
 &nbsp; init_lambda &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
 &nbsp; sc_alpha &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>
 &nbsp; sc_power &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>
 &nbsp; sc_sigma &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.3<br>
 &nbsp; delta_lambda &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>
 &nbsp; nwall &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
 &nbsp; wall_type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 9-3<br>
 &nbsp; wall_atomtype[0] &nbsp; &nbsp; = -1<br>
 &nbsp; wall_atomtype[1] &nbsp; &nbsp; = -1<br>
 &nbsp; wall_density[0] &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
 &nbsp; wall_density[1] &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
 &nbsp; wall_ewald_zfac &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 3<br>
 &nbsp; pull &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no<br>
 &nbsp; disre_weighting &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Conservative<br>
 &nbsp; disre_mixed &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= FALSE<br>
 &nbsp; dr_fc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1000<br>
 &nbsp; dr_tau &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>
 &nbsp; nstdisreout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
 &nbsp; orires_fc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
 &nbsp; orires_tau &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>
 &nbsp; nstorireout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 100<br>
 &nbsp; dihre-fc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1000<br>
 &nbsp; em_stepsize &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.01<br>
 &nbsp; em_tol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 100<br>
 &nbsp; niter &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 20<br>
 &nbsp; fc_stepsize &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
 &nbsp; nstcgsteep &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1000<br>
 &nbsp; nbfgscorr &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 10<br>
 &nbsp; ConstAlg &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Lincs<br>
 &nbsp; shake_tol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1e-04<br>
 &nbsp; lincs_order &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 8<br>
 &nbsp; lincs_warnangle &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 30<br>
 &nbsp; lincs_iter &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1<br>
 &nbsp; bd_fric &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
 &nbsp; ld_seed &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1993<br>
 &nbsp; cos_accel &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
 &nbsp; deform (3x3):<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;deform[ &nbsp; &nbsp;0]={ 0.00000e+00, &nbsp;0.00000e+00, &nbsp;0.00000e+00}<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;deform[ &nbsp; &nbsp;1]={ 0.00000e+00, &nbsp;0.00000e+00, &nbsp;0.00000e+00}<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;deform[ &nbsp; &nbsp;2]={ 0.00000e+00, &nbsp;0.00000e+00, &nbsp;0.00000e+00}<br>
 &nbsp; userint1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>
 &nbsp; userint2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>
 &nbsp; userint3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>
 &nbsp; userint4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>
 &nbsp; userreal1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
 &nbsp; userreal2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
 &nbsp; userreal3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
 &nbsp; userreal4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
grpopts:<br>
 &nbsp; nrdf: &nbsp; &nbsp;2.16e+06<br>
 &nbsp; ref_t: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<br>
 &nbsp; tau_t: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<br>
anneal: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;No<br>
ann_npoints: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<br>
 &nbsp; acc: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<br>
 &nbsp; nfreeze: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; N &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; N &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; N<br>
 &nbsp; energygrp_flags[ &nbsp;0]: 0 0<br>
 &nbsp; energygrp_flags[ &nbsp;1]: 0 0<br>
 &nbsp; efield-x:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;n = 0<br>
 &nbsp; efield-xt:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;n = 0<br>
 &nbsp; efield-y:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;n = 0<br>
 &nbsp; efield-yt:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;n = 0<br>
 &nbsp; efield-z:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;n = 0<br>
 &nbsp; efield-zt:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;n = 0<br>
 &nbsp; bQMMM &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= FALSE<br>
 &nbsp; QMconstraints &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
 &nbsp; QMMMscheme &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>
 &nbsp; scalefactor &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1<br>
qm_opts:<br>
 &nbsp; ngQM &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>
<br>
Initializing Domain Decomposition on 256 nodes<br>
Will use dynamic load balancing<br>
Will sort the charge groups at every domain (re)decomposition<br>
Scaling the initial minimum size with 1/0.8 (option -dds) = 1.25<br>
Optimizing the DD grid for 256 cells with a minimum initial size of 0.750 nm<br>
The maximum allowed number of cells is: X 24 Y 24 Z 37<br>
Domain decomposition grid 8 x 4 x 8, separate PME nodes 0<br>
Domain decomposition nodeid 0, coordinates 0 0 0<br>
<br>
Using two step summing over 64 groups of on average 4.0 processes<br>
<br>
There are 0 dihedral restraints<br>
Table routines are used for coulomb: FALSE<br>
Table routines are used for vdw: &nbsp; &nbsp; FALSE<br>
Cut-off&#39;s: &nbsp; NS: 1.2 &nbsp; Coulomb: 1.2 &nbsp; LJ: 1.2<br>
Reaction-Field:<br>
epsRF = 78, rc = 1.2, krf = 0.283823, crf = 1.24204, epsfac = 138.935<br>
The electrostatics potential has its minimum at r = 1.20774<br>
System total charge: -0.000<br>
Generated table with 1100 data points for 1-4 COUL.<br>
Tabscale = 500 points/nm<br>
Generated table with 1100 data points for 1-4 LJ6.<br>
Tabscale = 500 points/nm<br>
Generated table with 1100 data points for 1-4 LJ12.<br>
Tabscale = 500 points/nm<br>
<br>
Enabling SPC water optimization for 240000 molecules.<br>
<br>
Configuring nonbonded kernels...<br>
Testing x86_64 SSE support... present.<br>
<br>
<br>
Removing pbc first time<br>
Done rmpbc<br>
<br>
Initializing LINear Constraint Solver<br>
<br>
++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++<br>
B. Hess and H. Bekker and H. J. C. Berendsen and J. G. E. M. Fraaije<br>
LINCS: A Linear Constraint Solver for molecular simulations<br>
J. Comp. Chem. 18 (1997) pp. 1463-1472<br>
-------- -------- --- Thank You --- -------- --------<br>
<br>
The number of constraints is 144000<br>
<br>
++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++<br>
S. Miyamoto and P. A. Kollman<br>
SETTLE: An Analytical Version of the SHAKE and RATTLE Algorithms for Rigid<br>
Water Models<br>
J. Comp. Chem. 13 (1992) pp. 952-962<br>
-------- -------- --- Thank You --- -------- --------<br>
<br>
<br>
Linking all bonded interactions to atoms<br>
There are 1092000 inter charge-group exclusions,<br>
will use an extra communication step for exclusion forces for Reaction-Field<br>
<br>
The maximum number of communication pulses is: X 1 Y 1 Z 1<br>
The minimum size for domain decomposition cells is 1.200 nm<br>
The requested allowed shrink of DD cells (option -dds) is: 0.80<br>
The allowed shrink of domain decomposition cells is: X 0.52 Y 0.26 Z 0.34<br>
<br>
The maximum allowed distance for atoms involved in interactions is:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;two-body bonded interactions &nbsp;(-rdd) &nbsp; 1.200 nm<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;multi-body bonded interactions &nbsp;(-rdd) &nbsp; 1.200 nm<br>
<br>
<br>
Making 3D domain decomposition grid 8 x 4 x 8, home cell index 0 0 0<br>
<br>
<br>
Will not sum the energies at every step,<br>
therefore the energy file does not contain exact averages and fluctuations.<br>
<br>
WARNING:<br>
Because of the no energy summing option setting nstcomm (was 0) to nstlist (10)<br>
<br>
There are: 1008000 Atoms<br>
Charge group distribution at step 0: 1262 1274 1251 1282 1277 1242 1289 1260 1264 1271 1277 1274 1249 1285 1263 1263 1261 1274 1250 1281 1277 1240 1289 1259 1265 1271 1278 1275 1249 1287 1263 1264 1292 1267 1299 1275 1277 1301 1265 1284 1251 1283 1269 1272 1280 1270 1265 1289 1292 1267 1299 1275 1277 1301 1265 1284 1251 1283 1269 1272 1280 1270 1265 1289 1239 1263 1266 1234 1250 1265 1240 1257 1282 1252 1277 1264 1266 1281 1260 1255 1239 1263 1266 1234 1250 1265 1240 1257 1282 1252 1277 1264 1266 1281 1260 1255 1249 1279 1263 1254 1275 1255 1272 1272 1254 1252 1246 1245 1263 1236 1252 1260 1249 1279 1262 1254 1275 1254 1272 1271 1254 1252 1247 1245 1263 1237 1252 1261 1262 1274 1251 1282 1277 1242 1289 1260 1264 1271 1277 1274 1249 1285 1263 1263 1261 1274 1250 1281 1277 1240 1289 1259 1265 1271 1278 1275 1249 1287 1263 1264 1291 1267 1299 1274 1277 1301 1264 1284 1251 1283 1269 1272 1280 1270 1265 1289 1291 1267 1299 1274 1277 1301 1264 1284 1251 1283 1269 1272 1280 1270 1265 1289 1240 1263 1266 1235 1250 1265 1241 1257 1282 1252 1277 1264 1266 1281 1260 1255 1240 1263 1266 1235 1250 1265 1241 1257 1282 1252 1277 1264 1266 1281 1260 1255 1249 1279 1263 1254 1275 1255 1272 1272 1254 1252 1246 1245 1263 1236 1252 1260 1249 1279 1262 1254 1275 1254 1272 1271 1254 1252 1247 1245 1263 1237 1252 1261<br>

<br>
------------------------------<br>
-------------------------<br>
Program mdrun, VERSION 3.3.99_development_20080718<br>
Source code file: domdec.c, line: 2220<br>
<br>
Fatal error:<br>
Step 0: The X-size (0.000000) times the triclinic skew factor (1.000000) is smaller than the smallest allowed cell size (1.200000) for domain decomposition grid cell 0 0 0<br>
-------------------------------------------------------<br>
<br>
Thanx for Using GROMACS - Have a Nice Day<br></div></div>
This email was Anti Virus checked by Astaro Security Gateway. <a href="http://www.astaro.com" target="_blank">http://www.astaro.com</a><br>
------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-developers mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
</blockquote>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-developers mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
</blockquote></div><br></div>