<div dir="ltr">thanks Roland.&nbsp; however, when i installed automake 1.9.6, i got the same errors.&nbsp; i updated my path to use the new executables and made sure that it was using the new versions of aclocal and automake and using autoconf <a href="http://2.6.1.">2.6.1.</a>&nbsp; after automake 1.9 didn&#39;t work for you on Lonestar, did you then update your automake and successfully use bootstrap?&nbsp; were there any other updates you had to make and also, do you know what cvs version you had so that i can try with that if it&#39;s different than the version i have ( and, by the way, how do i check what version i have?&nbsp; ) <br>
<br>thanks<br>arjun<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jul 31, 2008 at 3:37 PM, Roland Schulz <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:roland@utk.edu">roland@utk.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div dir="ltr">Hi Arjun,<br><br>this error comes from aclocal which is part of autmake. Lonestar the only TACC machine I have access to also only has automake 1.9 installed and gives this error. You can either install a newer version of automake, request them to install a newer version or you run bootstrap on another machine and copy the whole directory afterwards on Ranger. In case you do the last approach you will have to recopy the folder when you do &quot;cvs up&quot;&nbsp; later and there are changes in <a href="http://configure.ac" target="_blank">configure.ac</a> or Makefile.am.<br>

<br>Let us know how well you can scale on Ranger. On the similar Jaguar (Cray XT4) I can scale to about 175 atoms/core.<br><br>Roland<br><br><div class="gmail_quote"><div><div></div><div class="Wj3C7c">On Thu, Jul 31, 2008 at 5:54 PM, Arjun Narayanan <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:arjun.nufc@gmail.com" target="_blank">arjun.nufc@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="Wj3C7c"><div dir="ltr">hi everyone, <br><br>i am trying to install the latest CVS version of
gromacs to take advantage of the better scaling to make use of
supercomputer time for a pretty large simulation ( &gt; 200,000 atoms
).&nbsp; this is what i get when i do &quot;uname -a&quot; where i am compiling:<br>Linux
<a href="http://login4.ranger.tacc.utexas.edu" target="_blank">login4.ranger.tacc.utexas.edu</a> 2.6.9-67.0.7.EL_lustre.1.6.5.1smp #1 SMP
Wed Jun 18 19:11:05 EDT 2008 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux<br><br>i
first tried installation with the automake and autoconf they had -
versions 1.9 and 2.59, respectively.&nbsp; i then tried installation with
autoconf 2.61 and m4 1.4.11 ... both times i got errors ( at the bottom
of this message ) when trying to run ./bootstrap .<br><br>i looked
around the web and couldn&#39;t find anything that helped me, and nothing
for Gromacs about this.&nbsp; i found the following two mails that may be
relevant, but i don&#39;t know how to translate what they are saying about
their own autoconf problems to what i need to do to get the gromacs cvs
installation working. <br><br><a href="http://www.mail-archive.com/libtool@gnu.org/msg08627.html" target="_blank">http://www.mail-archive.com/libtool@gnu.org/msg08627.html</a><br><a href="http://thread.gmane.org/gmane.comp.gnu.libtool.bugs/6337" target="_blank">http://thread.gmane.org/gmane.comp.gnu.libtool.bugs/6337</a><br>


<br>thanks in advance for your help,<br>arjun<br><br>ERROR MESSAGE FROM ./bootstrap<br><br><a href="http://configure.ac:588" target="_blank">configure.ac:588</a>: error: m4_require: circular dependency of AC_LANG_COMPILER(C++)<br>

../../lib/autoconf/lang.m4:297: AC_LANG_COMPILER_REQUIRE is expanded from...<br>
../../lib/autoconf/general.m4:2359: AC_COMPILE_IFELSE is expanded from...<br>../../lib/m4sugar/m4sh.m4:516: AS_IF is expanded from...<br>../../lib/autoconf/headers.m4:87: AC_CHECK_HEADER is expanded from...<br>../../lib/autoconf/headers.m4:195: AC_CHECK_HEADERS is expanded from...<br>


../../lib/autoconf/programs.m4:211: _AC_TOOL_WARN is expanded from...<br>../../lib/autoconf/programs.m4:270: AC_CHECK_TOOLS is expanded from...<br>../../lib/autoconf/c.m4:763: AC_PROG_CXX is expanded from...<br>../../lib/autoconf/c.m4:736: AC_LANG_COMPILER(C++) is expanded from...<br>


../../lib/autoconf/lang.m4:297: AC_LANG_COMPILER_REQUIRE is expanded from...<br>../../lib/autoconf/general.m4:2405: AC_LINK_IFELSE is expanded from...<br>../../lib/m4sugar/m4sh.m4:516: AS_IF is expanded from...<br>../../lib/autoconf/general.m4:1898: AC_CACHE_VAL is expanded from...<br>


../../lib/autoconf/general.m4:1911: AC_CACHE_CHECK is expanded from...<br>../../lib/autoconf/libs.m4:121: AC_CHECK_LIB is expanded from...<br><a href="http://configure.ac:588" target="_blank">configure.ac:588</a>: the top level<br>

autom4te: /share/home/01017/anarayan/utils/bin//m4 failed with exit status: 1<br>
aclocal: autom4te failed with exit status: 1<br><a href="http://configure.ac:588" target="_blank">configure.ac:588</a>: error: m4_require: circular dependency of AC_LANG_COMPILER(C++)<br>../../lib/autoconf/lang.m4:297: AC_LANG_COMPILER_REQUIRE is expanded from...<br>


../../lib/autoconf/general.m4:2359: AC_COMPILE_IFELSE is expanded from...<br>../../lib/m4sugar/m4sh.m4:516: AS_IF is expanded from...<br>../../lib/autoconf/headers.m4:87: AC_CHECK_HEADER is expanded from...<br>../../lib/autoconf/headers.m4:195: AC_CHECK_HEADERS is expanded from...<br>


../../lib/autoconf/programs.m4:211: _AC_TOOL_WARN is expanded from...<br>../../lib/autoconf/programs.m4:270: AC_CHECK_TOOLS is expanded from...<br>../../lib/autoconf/c.m4:763: AC_PROG_CXX is expanded from...<br>../../lib/autoconf/c.m4:736: AC_LANG_COMPILER(C++) is expanded from...<br>


../../lib/autoconf/lang.m4:297: AC_LANG_COMPILER_REQUIRE is expanded from...<br>../../lib/autoconf/general.m4:2405: AC_LINK_IFELSE is expanded from...<br>../../lib/m4sugar/m4sh.m4:516: AS_IF is expanded from...<br>../../lib/autoconf/general.m4:1898: AC_CACHE_VAL is expanded from...<br>


../../lib/autoconf/general.m4:1911: AC_CACHE_CHECK is expanded from...<br>../../lib/autoconf/libs.m4:121: AC_CHECK_LIB is expanded from...<br><a href="http://configure.ac:588" target="_blank">configure.ac:588</a>: the top level<br>

autom4te: /share/home/01017/anarayan/utils/bin//m4 failed with exit status: 1<br>
autoheader: &#39;/share/home/01017/anarayan/utils//bin/autom4te&#39; failed with exit status: 1<br><a href="http://configure.ac:588" target="_blank">configure.ac:588</a>: error: m4_require: circular dependency of AC_LANG_COMPILER(C++)<br>


../../lib/autoconf/lang.m4:297: AC_LANG_COMPILER_REQUIRE is expanded from...<br>../../lib/autoconf/general.m4:2359: AC_COMPILE_IFELSE is expanded from...<br>../../lib/m4sugar/m4sh.m4:516: AS_IF is expanded from...<br>../../lib/autoconf/headers.m4:87: AC_CHECK_HEADER is expanded from...<br>


../../lib/autoconf/headers.m4:195: AC_CHECK_HEADERS is expanded from...<br>../../lib/autoconf/programs.m4:211: _AC_TOOL_WARN is expanded from...<br>../../lib/autoconf/programs.m4:270: AC_CHECK_TOOLS is expanded from...<br>


../../lib/autoconf/c.m4:763: AC_PROG_CXX is expanded from...<br>../../lib/autoconf/c.m4:736: AC_LANG_COMPILER(C++) is expanded from...<br>../../lib/autoconf/lang.m4:297: AC_LANG_COMPILER_REQUIRE is expanded from...<br>../../lib/autoconf/general.m4:2405: AC_LINK_IFELSE is expanded from...<br>


../../lib/m4sugar/m4sh.m4:516: AS_IF is expanded from...<br>../../lib/autoconf/general.m4:1898: AC_CACHE_VAL is expanded from...<br>../../lib/autoconf/general.m4:1911: AC_CACHE_CHECK is expanded from...<br>../../lib/autoconf/libs.m4:121: AC_CHECK_LIB is expanded from...<br>


<a href="http://configure.ac:588" target="_blank">configure.ac:588</a>: the top level<br>autom4te: /share/home/01017/anarayan/utils/bin//m4 failed with exit status: 1<br>automake: autoconf failed with exit status: 1<br><a href="http://configure.ac:588" target="_blank">configure.ac:588</a>: error: m4_require: circular dependency of AC_LANG_COMPILER(C++)<br>


../../lib/autoconf/lang.m4:297: AC_LANG_COMPILER_REQUIRE is expanded from...<br>../../lib/autoconf/general.m4:2359: AC_COMPILE_IFELSE is expanded from...<br>../../lib/m4sugar/m4sh.m4:516: AS_IF is expanded from...<br>../../lib/autoconf/headers.m4:87: AC_CHECK_HEADER is expanded from...<br>


../../lib/autoconf/headers.m4:195: AC_CHECK_HEADERS is expanded from...<br>../../lib/autoconf/programs.m4:211: _AC_TOOL_WARN is expanded from...<br>../../lib/autoconf/programs.m4:270: AC_CHECK_TOOLS is expanded from...<br>


../../lib/autoconf/c.m4:763: AC_PROG_CXX is expanded from...<br>../../lib/autoconf/c.m4:736: AC_LANG_COMPILER(C++) is expanded from...<br>../../lib/autoconf/lang.m4:297: AC_LANG_COMPILER_REQUIRE is expanded from...<br>../../lib/autoconf/general.m4:2405: AC_LINK_IFELSE is expanded from...<br>


../../lib/m4sugar/m4sh.m4:516: AS_IF is expanded from...<br>../../lib/autoconf/general.m4:1898: AC_CACHE_VAL is expanded from...<br>../../lib/autoconf/general.m4:1911: AC_CACHE_CHECK is expanded from...<br>../../lib/autoconf/libs.m4:121: AC_CHECK_LIB is expanded from...<br>


<a href="http://configure.ac:588" target="_blank">configure.ac:588</a>: the top level<br>autom4te: /share/home/01017/anarayan/utils/bin//m4 failed with exit status: 1</div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
gmx-developers mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br></blockquote></div><br></div>
<br>_______________________________________________<br>
gmx-developers mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br></blockquote></div><br></div>