<div dir="ltr">Hi,<br><br>I recently saw some questionable grompp parameters and was wondering what you think about adding some more Warning messages to grompp.<br><br>At the moment I could think of the following cases: <br>
- comm_grps not none or System. I can&#39;t think about a reason were it makes sense and certainly in most cases you don&#39;t want to do that. Also the code in readdir.c doesn&#39;t work correctly in that case. It doesn&#39;t compute the degrees of freedoms for these groups and then you get an error message saying vcm temp is inifinite.<br>
- DispCorr = no when using constant temperature. If I understand it correct this should always be done in that case.<br><br>Regarind the thermostat settings I&#39;m not sure whether one should give warnings, messages on a info level or a link to the thermostat wiki page to encourage people to check these parameters.<br>
The thinks which are often unclear I think are: <br>- tc_grps: I think often system is used but the wiki page recommends Protein Non-Protein&nbsp; (for the Hot-Solute Cold-Solvent problem)<br>- Berendsen: It is not well known that it is not NVT/NPT<br>
- tau_t is selected not careful<br><br>I&#39;m happy to do it. Just want to make sure that you agree and I&#39;m not changing the way warnings should work and don&#39;t add warnings because of a misunderstand on my side. If you have others to add I can quickly do that too.<br>
<br>Roland<br clear="all">
<br>-- <br>Center for Molecular Biophysics ORNL/UT <a href="http://cmb.ornl.gov" target="_blank">cmb.ornl.gov</a><br>
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