<div dir="ltr"><div>Hello,</div>
<div>There is a point, I want to clear out for myself:</div>
<div>Say we focus on the aspartate residue. It has a formal charge of -1.</div>
<div>This charge on either oxygen of the carboxyl is -0.8 (oxygens OD1 &amp; OD2), according to one of the force fields employed in GROMACS.</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>What is the right way to calculate electrostatics here:</div>
<div>1) &quot;As is&quot;, and letting the two oxygens repel one another.</div>
<div>2) Ignore this specific pair when calculating?</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>How does GROMACS operates? I think that (1) is the common practice, but I want to be sure.</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Thank you, Omer Markovitch.<br clear="all"><br>Koby Levy research group,<br>Weizmann Institute of Science. <br><a href="http://www.weizmann.ac.il/sb/faculty_pages/Levy/">http://www.weizmann.ac.il/sb/faculty_pages/Levy/</a><br>
</div></div>