Hi,<br><br>there seems to be something wrong with the sorting and identification of hydrogens in pdb2gmx when using CHARMM FF. <br><br>It does not identify the hydrogen atoms correctly if they are already present, even if the names all match.<br>
<br>To reproduce: Generate pdb with hydrogens using pdb2gmx. Then use this pdb as input of pdb2gmx again. <br><br>Result e.g.:<br>Atom H in residue VAL 2 not found in rtp entry with 16 atoms<br><br>This does not happen with GROMOS or OPLS FF.<br>
<br>Roland<br><br><br clear="all">
<br>-- <br>ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov" target="_blank">cmb.ornl.gov</a><br>