Hi,<br><br>I have three problems with pdb2gmx. They are all related to the n-terminus patch I use for cellulose.<br><br>The patch is:<br>[ replace ]<br>C4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CTS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.14<br>H4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.09<br>
[ add ]<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C6<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OHS&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.99940&nbsp;&nbsp; -0.660<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C5<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HOS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00800&nbsp;&nbsp; 0.430<br>[ bonds ]<br>O4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C4<br><br>The problems are:<br>
<br>1)<br><br>I add two atoms in the N Terminus Patch like this:<br><br>Still pdb2gmx compalns:&nbsp; <br>Fatal error:<br>Atom O4 in residue BGLC 1 not found in rtp entry with 21 atoms<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; while sorting atoms<br><br>It works without problem with -nosort option. The problem is that the function sort_pdbatoms is called by pdb2gmx before the patches are applied.<br>IMHO the reason this is no problem for a protein is that the additional atoms are renamed using xlateat.dat so that they are known even before the patches are applied. <br clear="all">
<br><br>2) <br>The charge and charge group number of two hydrogen atoms get changed even though they are not part of the patch at all.<br><br>The residue is:<br>
[ BGLC ]<br>
&nbsp;[ atoms ]<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CBS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OES&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CTS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OES&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CTS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CTS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.140&nbsp;&nbsp; 2<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <b>H2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.090&nbsp;&nbsp; 2</b><br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OHS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.660&nbsp; 2<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HOS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.430&nbsp;&nbsp; 2<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CTS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.140&nbsp;&nbsp; 3<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<b> H3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.090&nbsp;&nbsp; 3</b><br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OHS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.660&nbsp; 3<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HOS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.430&nbsp;&nbsp; 3<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CPS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.050&nbsp;&nbsp; 4<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H61&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.090&nbsp;&nbsp; 4<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H62&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.090&nbsp;&nbsp; 4<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OHS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.660&nbsp; 4<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HOS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.430&nbsp;&nbsp; 4<br><br>but after the patch the charge and charge group numbers of H2 and H3&nbsp; are:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CTS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BGLC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BGLC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.2<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OES&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BGLC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BGLC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CBS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BGLC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.2<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OES&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BGLC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CTS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BGLC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.06<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BGLC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<b> H2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1</b>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.04<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OHS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BGLC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.66&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.62<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HOS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BGLC&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.43&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.19<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CTS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BGLC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.05<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BGLC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <b>H3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1</b>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.05<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OHS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BGLC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.66&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.61<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HOS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BGLC&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.43&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.18<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CTS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BGLC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.04<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BGLC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.09&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.05<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OHS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BGLC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.66&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.61<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HOS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BGLC&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.43&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.18<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CPS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BGLC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.05&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.13<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BGLC&nbsp;&nbsp;&nbsp; H61&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.09&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.04<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BGLC&nbsp;&nbsp;&nbsp; H62&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.09&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.05<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OHS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BGLC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.66&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.61<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HOS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BGLC&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.43&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.18<br>
<br>The charges and charge groups are correct for all but the first residue. So for all residues for which the n-terminus patch is not applied.<br><br>3)<br>The above add of two atoms misses one bond. I need to specify manually to add the bond (as shown above):<br>
[ bonds ]<br>O4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C4<br><br><br>Non of the problems is very severe, because I have a workaround for 1 and 3 and I can manually change 2. But I wanted to report the problems.<br>Roland<br><br><br>-- <br>ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov" target="_blank">cmb.ornl.gov</a><br>