Hello,<br><br>I noticed that there is an inconsistency between the
files ffG53a6nb.itp and ffG53a6.rtp, and between the corresponding
files in the ffG53a5 .  <br>The atom type that is used for some CH2
atoms inside rings (e.g. CB CG CD in Proline) is defined as CH2r type
in the fG53a6nb.itp file :<br clear="all">
<br>CH2r    6     0.000      0.000     A  0.0073342096  2.8058209e-05<br><br>However, it is defined as CH2R in the ffG53a6.rtp file, in the residues that
contain this type of atom. As an example,  for Proline, the definitions
are:<br>
<br>[ PRO ]<br> [ atoms ]<br>    N     N     0.00000     0<br>   CA   CH1     0.00000     1<br>   CB  CH2R     0.00000     1<br>   CG  CH2R     0.00000     2<br>   CD  CH2R     0.00000     2<br>    C     C       0.450     3<br>


    O     O      -0.450     3<br><br>Is GROMACS case insensitive? Can I run simulations, using ffG53a6, without worrying about this?<br><br><br>Thanks in advance.<br><font color="#888888"><font color="#888888"><br></font></font><br clear="all">
<br>-- <br>Diana Lousa<br>PhD student<br>Protein Modelling Laboratory<br>ITQB/UNL<br>Oeiras, Portugal<br>