Dear all,<br><br>I am a postdoc in Computational Chemistry at the Denmark Technical University (doing most of my MD applications with NAMD). I am very much interested to participate in contributing to Gromacs development. After looking at the volunteer titles posted in the GMX developers page, I am interested to work for developing docking part of the code. Can any one of the Gromacs administrators eloberate the plan to me and clarify me the following points:<br>
<br>1. If you already have a plan for docking implimentation, what type of docking protocol was planned? (i.e., using algorithms like GA, etc. to sample the space or other methods like fragment growth method)<br><br>2. Will it be like combining both MD and docking? (i.e., like constrained MD to simulate the drug free receptor and the drug binding induced conformational changes of the side chains, etc).<br>
<br>I havent used CVS before. But I can learn it first and with the help of all current developers, I think I can progress in this area.<br><br>Thanks.<br><br>Sincerely,<br><br>ArunKumar. S<br><br>