I wasn&#39;t sure if I should post this to the gmx-users or gmx-developers list.<br><br>I am constructing coarse-grained CA models for proteins.  Adjacent CA atoms are connected by harmonic bonds and sets of three CA atoms are connected by harmonic angles.  I have noticed that when a bond angle gets linear (pi) , there is a large spike in the potential energy and that part of the system goes  a bit wild (unrealistic high accelerations).   I suspect this has to do with the dihedral term, but I&#39;m not sure.  In Amber, there was a comment about a disconinuity when a dihedral has a linear angle (I can&#39;t find it at the moment).  Was this considered when writing gromacs?   In all-atom simulations, this is not be a problem, but in these coarse grained methods linear angles are ok, since they are not &quot;real&quot; covalent bonds.   Any thoughts/fixes would be appreciated.<br>
<br>Thanks<br><br>-Paul<br>