<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
<blockquote cite="mid4A37A707.60804@cbr.su.se" type="cite">
  <blockquote type="cite">
    <pre wrap="">  
    </pre>
  </blockquote>
  <pre wrap=""><!---->The temperature is already present as a command line option.
I think it might not be more work to actually implement this properly.
  </pre>
</blockquote>
<br>
I think it should be:<br>
y[g][i] = sqrt(kT/eigval[eignr[v]]*norm2(eigvec[v][i]));<br>
<br>
Ran<br>
<br>
<blockquote cite="mid4A37A707.60804@cbr.su.se" type="cite">
  <pre wrap="">I guess that would require an extra command line option,
since currently you can not see from an eigenvector file if it came
from a PCA or NM analysis.

Berk

_______________________________________________
gmx-developers mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 
www interface or send it to <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.

  </pre>
</blockquote>
<br>
<br>
<pre class="moz-signature" cols="72">-- 
------------------------------------------------------
Ran Friedman
Postdoctoral Fellow
Computational Structural Biology Group (A. Caflisch)
Department of Biochemistry
University of Zurich
Winterthurerstrasse 190
CH-8057 Zurich, Switzerland
Tel. +41-44-6355559
Email: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:r.friedman@bioc.unizh.ch">r.friedman@bioc.unizh.ch</a>
Skype: ran.friedman
------------------------------------------------------
</pre>
</body>
</html>