Hi,<br><br>I am using the VMD DCD reader. <br><br>Using the VMD plugin API would add 3 addiotional source files (hash.c, molfile_plugin.h, vmdplugin.h).<br><br>Does this matter? Should I do this so that we can easily add further vmd supported types in the future?<br>

<br>Roland<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jul 3, 2009 at 11:59 AM, Axel Kohlmeyer <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:akohlmey@cmm.chem.upenn.edu">akohlmey@cmm.chem.upenn.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

roland,<br>
<div class="im"><br>
On Fri, Jul 3, 2009 at 6:44 AM, Roland Schulz&lt;<a href="mailto:roland@utk.edu">roland@utk.edu</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Hi,<br>
&gt;<br>
&gt; what do you think about adding DCD read support to the tools? Quite a few<br>
&gt; people in our group use the tools but (for a number of reasons) do the<br>
&gt; simulation still with other MD packages. It is inconvenient to have to<br>
&gt; convert the trajectories.<br>
<br>
</div>instead of adopting code to only read .dcd files,<br>
why don&#39;t you write an interface to the VMD molfile API?<br>
should be even less work and then you would interface<br>
gromacs to a large number of file formats. also it would<br>
avoid replicating and code (and problems with diverging<br>
developments and missing bugfixes) and also you can add<br>
new file formats or updated readers/writers<br>
on the fly through the dynamic loading of plugins.<br>
<br>
cheers,<br>
  axel.<br>
<br>
p.s.: we&#39;re also in the process of gradually revising the<br>
molfile API to make it more flexible and powerful and<br>
particularly add support for &quot;out-of-core&quot; processing of<br>
a collection of files (primarily for VMD but not limited to it).<br>
that might be interesting for gromacs tools just as well.<br>
<div class="im"><br>
<br>
&gt;<br>
&gt; Is it OK to add code which is under the University of Illinois Open Source<br>
&gt; License? It is GPL compatible so does not cause license conflicts<br>
&gt; (<a href="http://en.wikipedia.org/wiki/University_of_Illinois/NCSA_Open_Source_License" target="_blank">http://en.wikipedia.org/wiki/University_of_Illinois/NCSA_Open_Source_License</a>).<br>
&gt;<br>
&gt; Roland<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov" target="_blank">cmb.ornl.gov</a><br>
&gt; 865-241-1537, ORNL PO BOX 2008 MS6309<br>
&gt;<br>
</div><div class="im">&gt; _______________________________________________<br>
&gt; gmx-developers mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
</div>=======================================================================<br>
<font color="#888888">Axel Kohlmeyer   <a href="mailto:akohlmey@cmm.chem.upenn.edu">akohlmey@cmm.chem.upenn.edu</a>   <a href="http://www.cmm.upenn.edu" target="_blank">http://www.cmm.upenn.edu</a><br>
  Center for Molecular Modeling   --   University of Pennsylvania<br>
Department of Chemistry, 231 S.34th Street, Philadelphia, PA 19104-6323<br>
tel: 1-215-898-1582,  fax: 1-215-573-6233,  office-tel: 1-215-898-5425<br>
=======================================================================<br>
If you make something idiot-proof, the universe creates a better idiot.<br>
</font><div><div></div><div class="h5">_______________________________________________<br>
gmx-developers mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov">cmb.ornl.gov</a><br>865-241-1537, ORNL PO BOX 2008 MS6309<br>