Hi Wolfram,<br><br>The bug in x2top is actually present with nanotubes starting from version 3.3.3. It really works fine well in 3.3.1 (3.3.2 was never used by me).<br><br>Please report the bug to the bugzilla. Sorry, I didn&#39;t find a time to fo this for a year. :(<br>
<br><br>~ Vitaly<br><br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
Hello Everybody,<br>
<br>
I guess I found a bug in x2top. I was trying to generate a topology<br>
for a carbon nanotube, what works fine with the x2top coming with<br>
gromacs-3.3.x. If I try to run with the gromacs-4.0.5 x2top instead<br>
the program will hang for days, running at 100% cpu but showing no<br>
progress at all.<br>
Looking at the source code, there are quite a lot of changes between<br>
the two versions, so I can&#39;t really tell what&#39;s causing the problem.<br>
<br>
The pdb file used to generate the topology can be found under<br>
<a href="http://www.picb.ac.cn/graeter/files_wolfram/tube.pdb" target="_blank">http://www.picb.ac.cn/graeter/files_wolfram/tube.pdb</a><br>
<br>
There are also little extras for x2top to run correctly on the nanotube:<br>
<a href="http://www.picb.ac.cn/graeter/files_wolfram/ffgmxbon.itp" target="_blank">http://www.picb.ac.cn/graeter/files_wolfram/ffgmxbon.itp</a><br>
<a href="http://www.picb.ac.cn/graeter/files_wolfram/ffencadv.n2t" target="_blank">http://www.picb.ac.cn/graeter/files_wolfram/ffencadv.n2t</a><br>
<br>
The procedure is also described on <a href="http://cs86.com/index.html" target="_blank">http://cs86.com/index.html</a><br>
<br>
And the command was:<br>
x2top -f tube.pdb -o tube.top -r tube.rtp -ff select<br>
using<br>
8: Encad all-atom force field, using scaled-down vacuum charges<br>
(the bug also happens when trying to use OPLS)<br>
<br>
Best regards,<br>
Wolfram<br>
<br>
</blockquote></div><br>-- <br>Vitaly V. Chaban, Ph.D. (ABD)<br>School of Chemistry<br>V.N. Karazin Kharkiv National University<br>Svoboda sq.,4, Kharkiv 61077, Ukraine<br>email: <a href="mailto:chaban@univer.kharkov.ua">chaban@univer.kharkov.ua</a>,<a href="mailto:vvchaban@gmail.com">vvchaban@gmail.com</a><br>
skype: vvchaban, mob.: +38-097-8259698 <br>