Can one call mdrun within analysis code without doing a system call?<div><br></div><div>Ilya</div><div><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 14, 2009 at 7:49 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div class="im">XAvier Periole wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
I think the best is to call mdrun using nstep = 0<br>
</blockquote>
<br></div>
... and an EM integrator.<br><font color="#888888">
<br>
Mark</font><div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi,<br>
<br>
I want to write an analysis script that calculates a single point energy without invoking mdrun. Since, the tpr file contains all the FF and topology information, is there a function that I can pass the TPR information to that will return the total PE of the system?<br>


<br>
Thanks,<br>
<br>
Ilya<br>
<br>
<br>
-- <br>
Ilya Chorny Ph.D.<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-developers mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
</blockquote>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-developers mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use thewww interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
<br>
</blockquote>
_______________________________________________<br>
gmx-developers mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Ilya Chorny Ph.D.<br><br>
</div>