<div style="font-family: 'times new roman'; font-size: 16px"><div><br /></div><div>On 08/07/09, <b class="name">Berk Hess </b>&lt;hess@cbr.su.se&gt; wrote:</div><blockquote cite="mid:4A7BDE02.9040404@cbr.su.se" class="iwcQuote" style="border-left: #00f 1px solid; padding-left: 13px; margin-left: 0px" type="cite"><div class="mimepart text plain">Mark Abraham wrote:<br />&gt; Michael Shirts wrote:<br />&gt;&gt; Hi, guys-<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt; I just pulled the latest git directory to see how my own changes were<br />&gt;&gt; faring on the regression tests -- I got the following failures.<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt; single precision:<br />&gt;&gt; Testing aminoacids . . . FAILED. Check checkpot.out (      35 errors),<br />&gt;&gt; checkvir.out (402 errors) files in aminoacids<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt; double precision:<br />&gt;&gt; Testing aminoacids . . . FAILED. Check checkpot.out (      35 errors),<br />&gt;&gt; checkvir.out (402 errors) files in aminoacids<br />&gt;&gt; N      Reference   This test<br />&gt;&gt;   10    -39.0984    -32.3783<br />&gt;&gt;   11    -39.0984    -32.3783<br />&gt;&gt;   12    -93.8123    -75.8899<br />&gt;&gt;   13    -93.8123    -75.8899<br />&gt;&gt;   21    -11007.5    -9914.46<br />&gt;&gt; There were 5 differences in final energy with the reference file<br />&gt;&gt; All 45 pdb2gmx tests PASSED<br />&gt;&gt; pdb2gmx tests FAILED<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt; Now that we have a good regression test set that runs in just a few<br />&gt;&gt; minutes, and have public git repositories that make it easier to share<br />&gt;&gt; beta code, I'm wondering if it would make sense to ask that commits to<br />&gt;&gt; the main repository pass the regression tests -- this would make it<br />&gt;&gt; easier to locate problems and eliminate many coding errors.<br />&gt;<br />&gt; There is a current problem with a handful of the regression tests<br />&gt; inasmuch as the reference values are still computed with a 3.3.2<br />&gt; version (IIRC). These manifest as a checkvir issue. I haven't<br />&gt; committed the time to solving it, though as I did the last fixes to<br />&gt; the regression tests, I probably should.<br />&gt;<br />&gt; Mark<br />This is due a change in the Berendsen (and v-rescale) termostat I made.<br />The velocties at t-dt/2 are now scaled iso at t+dt/2, this provides much<br />better energy conservation<br />with the v-rescale thermostat.<br /><br />I guess the best solution would be to remove temperature coupling in all<br />test sets that are<br />not intended to test temperature coupling. (also Berendsen is not the<br />right algorithm to test).<br />We would probably want the initial temperature to be around 300 K.<br />The references could still be made with 3.3 to keep the test sets<br />backwards compatible.</div></blockquote><div><br/></div><div>OK, I can do that.</div><div><br/></div><div>1) Generate reference data with 3.3.3 with .mdp options that 4.x can reproduce, i.e. largely without T-coupling and with suitable grid search options.</div><div><br/></div><div>2) Generate a v-rescaling test with 4.0.5, and note that failure will be expected if testing with 3.3.x</div><div><br/></div><div>Any other gotchas?</div><div><br/></div><div>Mark</div></div>