Hi,<br><br>when using trjcat in append mode without -keeplast it does not really do what the documentation says.<br><br>While the documentation says &quot;Obviously the file to<br>append to has to be the one with lowest starting time since one can only<br>


append at the end of a file.&quot; It does not say that it implies keeplast for the first appended trajectory.<br><br>But I think this is not only not documented correctly but the behavior itself is misleading. Because usually one wants to have -nokeeplast (good default).<br>


<br>I&#39;m not sure how to best change it:<br>- just update the documentation<br>- add a warning if append is used without -keeplast<br clear="all">- add a warning if append is used without -keeplast and there is actually an overlap<br>


- change append so that it seeks to the correct time and then appends so that it is correct for -nokeeplast<br>- require either &quot;-keeplast&quot; or new option &quot;-overwrite&quot; if appending (overwrite would do the same as the last option)<br>


<br>I think seeking and overwriting would be the most likely expected behavior but it might be good not to do it by default as it could lead to data loss.<br><br>What do you think?<br><br>Roland<br><br>-- <br>ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov" target="_blank">cmb.ornl.gov</a><br>


865-241-1537, ORNL PO BOX 2008 MS6309<br>