Hi,<br><br>I already fixed this bug 2 weeks ago but forgot to push it on the git server. Sorry! Ironically I noticed 5min before you wrote this email ;-).<br>Please check whether it fixes it for you. I fixed it by not computing the md5 sum for xvg. I think it is sufficient to check the md5 for the standard files. In case you would like the md5sum also for xvg files, I&#39;m happy to change it.<br>

<br>Roland<br><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Nov 23, 2009 at 11:21 AM, Carsten Kutzner <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:ckutzne@gwdg.de">ckutzne@gwdg.de</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

Hi,<br>
<br>
when using the master branch version with pulling, I get the<br>
following message on stderr as soon as a checkpoint file is written:<br>
<br>
pullx.xvg: Bad file descriptor<br>
pullf.xvg: Bad file descriptor<br>
<br>
This is due to the fact that xvg files are opened in &#39;w&#39; mode in<br>
the xvgropen() routine, which prevents that gmx_fio_get_file_md5_lock()<br>
can rewind them with fseek/fseeko.<br>
<br>
The solution is to open xvg files in &#39;w+&#39; mode in xvgropen(), so that<br>
they are readable when the checkpoint is written. I think none of the<br>
analysis tools do care whether the mode is w or w+? I assume that all<br>
xvg files opened by mdrun would yield these problems.<br>
<br>
Carsten<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Dr. Carsten Kutzner<br>
Max Planck Institute for Biophysical Chemistry<br>
Theoretical and Computational Biophysics Department<br>
Am Fassberg 11<br>
37077 Goettingen, Germany<br>
Tel. +49-551-2012313, Fax: +49-551-2012302<br>
<a href="http://www.mpibpc.mpg.de/home/grubmueller/" target="_blank">www.mpibpc.mpg.de/home/grubmueller/</a><br>
<a href="http://www.mpibpc.mpg.de/home/grubmueller/ihp/ckutzne/" target="_blank">www.mpibpc.mpg.de/home/grubmueller/ihp/ckutzne/</a><br>
<font color="#888888">--<br>
gmx-developers mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov">cmb.ornl.gov</a><br>865-241-1537, ORNL PO BOX 2008 MS6309<br>