<div> </div>
<div> </div>
<div>HI</div>
<div>I am simulating the protein + ligand + water molecules system.</div>
<div>In the experimental work, the concentration of ligand is pretty low, say under 20 mM   (avearge 18 ligands attached on one protein)</div>
<div>It will be a huge system to create a system with 20 mM and it will take lot of simulation time.</div>
<div> </div>
<div>Instead, I create a 6nm x 6nm x 6nm simulation box and put one protein molecule with 10 ligands.</div>
<div>After 100 nano seconds, 10 ligands are attached on the protein.</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>Then, for this one protein with 10 ligands attached  + water molecules </div>
<div>I will do the following steps =&gt;</div>
<div>1. remove the water molecules</div>
<div>2. center the protein with 10 ligands attached in the 6nm x 6nm x 6nm simulation box</div>
<div>3. put another 10 ligands around the protein with 10 ligand attached</div>
<div>4. solvate the system</div>
<div>5. add ions</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>Are the above steps make sense to create a low concentration simulation?</div>
<div> </div>
<div>Thank you</div>
<div>Lin</div>
<div> </div>
<div> </div>