Hi,<div><br></div><div>I&#39;d suggest to use <a href="http://repo.or.cz/w/gromacs.git">http://repo.or.cz/w/gromacs.git</a>. Just click on fork there. </div><div><br></div><div>This way your modified version can be updated and you can share it using the address and people can download directly packages instead of patches which have to be applied.</div>

<div><br></div><div>Roland</div><div><br><div class="gmail_quote">On Tue, Feb 16, 2010 at 11:44 AM, Jochen Hub <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jochen@xray.bmc.uu.se">jochen@xray.bmc.uu.se</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

<div><div></div><div class="h5">Paul C. Whitford wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Gromacs Developers,<br>
     We have implemented a flexible fitting algorithm to model atomic<br>
structures to cryo-em reconstructions (described in Orzechowski and<br>
Tama, Biophysical Journal 95(12) pp. 5692 - 5705.  This is a<br>
different method than the one in NAMD) into Gromacs 4.0.5.  I was<br>
told that it is possible to contribute the code, if approved.   I was<br>
also informed that in order to contribute it, I should implement the<br>
code into the GIT version and ensure that all standards are followed<br>
(as described on the website, in addition to including all settings<br>
and map into the tpr file).  This will not be a problem.<br>
<br>
We have tested the software and we can rapidly fit systems with large<br>
conformational differences (~50 A rearrangements).  We have tested the<br>
code with the Amber and opls forcefields and with a simplified, all-atom,<br>
forcefield  (<a href="http://smog.ucsd.edu" target="_blank">http://smog.ucsd.edu</a>, the paper describing the webtool is<br>
currently under review).<br>
<br>
Please let me know if contribution of this method to the standard Gromacs<br>
release is of interest.   If it is, I will implement the code into a Git<br>
branch (provided one is created) and make sure it conforms to all other<br>
Gromacs standards.<br>
<br>
Thanks<br>
<br>
Paul C. Whitford<br>
Sanbonmatsu Team<br>
Theoretical Biology and Biophysics Group<br>
Los Alamos National Laboratory<br>
  <br>
</blockquote>
<br>
<br></div></div>
Dear Paul,<br>
<br>
I would also be very interested in such a Gromacs extension. I think it would be great to have it in the contribution on the Gromacs website.<br>
<br>
Best wishes,<br>
<br>
Jochen<br><font color="#888888">
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
-- <br>
---------------------------------------------------<br>
Dr. Jochen Hub<br>
Molecular Biophysics group<br>
Dept. of Cell &amp; Molecular Biology<br>
Uppsala University. Box 596, 75124 Uppsala, Sweden.<br>
Phone: +46-18-4714451 Fax: +46-18-511755<br>
---------------------------------------------------</font><div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
-- <br>
gmx-developers mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov">cmb.ornl.gov</a><br>865-241-1537, ORNL PO BOX 2008 MS6309<br>
</div>