I have been having problems calculating the distance between CA and CB atoms in ALA using g_dist. The trajectory was run using vsite so the mass of CB in ALA is set to 0. Since g_dist calculates distances between the center of mass of the groups if one of the groups has a mass of zero there will be an error.<div>

<br></div><div>I am going to edit gmx_dist as follows. Does anyone see any glaring issues with doing this?</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Ilya</div><div><br></div><div>previous:</div><div><br></div>

<div>com[g][d] /= mass[g];</div><div><br></div><div>new:</div><div><br></div><div><div>if mass[g] &gt; 0.0</div><div>        com[g][d] /= mass[g];</div><div><br></div></div><br>-- <br>Ilya Chorny Ph.D.<br><br>