Hi Pedro,<br><br>I&#39;ve studied Gromacs source-code for the same propose (implementation of Genetic Algorithms).<br>If you can, we can talk more specific about it.<br><br>Thanks,<br><br clear="all">--<br>Rodrigo Antonio Faccioli<br>
Ph.D Student in Electrical Engineering<br>University of Sao Paulo - USP<br>Engineering School of Sao Carlos - EESC<br>Department of Electrical Engineering - SEL<br>Intelligent System in Structure Bioinformatics<br><a href="http://laips.sel.eesc.usp.br">http://laips.sel.eesc.usp.br</a><br>
Phone: 55 (16) 3373-9366 Ext 229<br>Curriculum Lattes - <a href="http://lattes.cnpq.br/1025157978990218">http://lattes.cnpq.br/1025157978990218</a><br>
<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 14, 2010 at 7:57 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div><div></div><div class="h5">On 15/04/2010 8:47 AM, Pedro Dalcin wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hello to all,<br>
<br>
I&#39;m a student at the Federal University of Rio de Janeiro and I&#39;m<br>
working on a project to implement a method, using genetic algorithms, in<br>
Gromacs.<br>
I&#39;m currently studying the code from &quot;minimize.c&quot; (version 4.0.7) and I<br>
was wondering if there is any documentation regarding constants,<br>
variables and functions, at least for this specific file.<br>
Any help in understanding the code would be great.<br>
</blockquote>
<br></div></div>
There is some documentation of some of the relevant data structures on the GROMACS webpage, but it&#39;s far from complete. In my experience, the best thing to do can be to get a debugger and step through the code yourself...<br>

<br>
Mark<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-developers mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
</font></blockquote></div><br>