----- Original Message ----- From: chris.neale@utoronto.ca Date: Thursday, June 3, 2010 16:19 Subject: Re: [gmx-developers] g_sdf, who developed it? To: gmx-developers@gromacs.org &gt; I wrote g_spatial. I have never used g_sdf, but the programs are  &gt; not exactly identical. Ideally they might be combined, but I  &gt; looked into that a while ago and it is beyond my abilities. &gt;  &gt; - g_sdf does a fitting based on (I think) 3 atoms defined by the user. &gt; - g_spatial requires the user to do all of the fitting via trjconv. &gt;  &gt; In my opinion, it is easier and more robust to require the user  &gt; to first pre-process the trajectory with trjconv. Nevertheless,  &gt; I see more users on the list inquiring about g_sdf; It is  &gt; impossible to discern if this is because g_sdf is harder to use  &gt; or because it is more often used. &gt;  &gt; The reasons to use g_spatial, are that one might want to fit  &gt; based on some arbitrary routine, and this should always be  &gt; possible via trjconv. In my opinion, the only thing that favours  &gt; g_sdf is that one doesn't need to have the disk space to store a  &gt; fit trajectory prior to running g_sdf -- and this could be a big  &gt; plus for g_sdf in some cases. A solution that does not require the existence of excess disk is that of named pipes (http://en.wikipedia.org/wiki/Named_pipe). I've used such in the past to pipe the .xvg output of some GROMACS tool straight to g_analyze, for example. It's straightforward to write a shell script that makes the named pipe, sets up the consumer process in the background and then runs the producer process. I know nothing about either g_sdf or g_spatial, but perhaps the existence of this technique indicates a consolidation of these tools along the lines suggested by Chris. Mark &gt; In the end, I can only comment that I and my colleagues find  &gt; g_spatial to be very useful. Also, from a simple magnitude of  &gt; the comments on the list, there is also a desire to use g_sdf. &gt;  &gt; Obviously you're close to a release and not wanting to do more  &gt; coding, but I note that the idea behind g_spatial was to keep it  &gt; simple... let trjconv do all of the heavy lifting. Perhaps it  &gt; would be possible in the future to add a new trjconv option to  &gt; do whatever fitting is done in g_sdf? &gt;  &gt; Sorry I can't be definitive here, &gt; Chris. &gt;  &gt; Quoting David van der Spoel &lt;spoel@xray.bmc.uu.se&gt;: &gt;  &gt; &gt;On 2010-06-03 06.19, Tsjerk Wassenaar wrote: &gt; &gt;&gt;Hi David, Chris, &gt; &gt;&gt; &gt; &gt;&gt;The bug referred to concers make_ndx, not g_sdf. I indeed made  &gt; a few &gt; &gt;&gt;changes in the code, but those were minor adaptations required  &gt; to have &gt; &gt;&gt;it work with GMX3.3.1, such as changing gmx_fatal statements. &gt; &gt;&gt; &gt; &gt;oops it should be &gt; &gt; &gt; &gt;http://bugzilla.gromacs.org/show_bug.cgi?id=356 &gt; &gt; &gt; &gt;An additional problem is that we have two seemingly identical  &gt; programs,&gt;g_sdf and g_spatial &gt; &gt;Chris: did you develop the latter then? &gt; &gt; &gt; &gt;Question is whether we need both... &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;Cheers, &gt; &gt;&gt; &gt; &gt;&gt;Tsjerk &gt; &gt;&gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt;&gt;On Wed, Jun 2, 2010 at 10:39  &gt; PM,&lt;chris.neale@utoronto.ca&gt;&nbsp; wrote: &gt; &gt;&gt;&gt;g_sdf was developed by Christoph Freudenburger. It was  &gt; uploaded and &gt; &gt;&gt;&gt;supported with mailing-list assistance by Dallas Warren: &gt; &gt;&gt;&gt;http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2005- &gt; August/016578.html&gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;Looks like it was also modified by Tsjerk Wassenaar (to work  &gt; with 3.3.1): &gt; &gt;&gt;&gt;http://www.gromacs.org/index.php?title=Download_%26_Installation/User_contributions/Other_software &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;Quoting David van der Spoel&lt;spoel@xray.bmc.uu.se&gt;: &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;Hi, &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;I forgot who contributed the code for g_sdf, but there seems  &gt; to be a &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;strange problem with the code. Maybe he/she with insight in  &gt; the innards &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;of the program can have a look at &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;http://bugzilla.gromacs.org/show_bug.cgi?id=367 &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;Thanks, &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;-- &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;Dept. of Cell&amp;&nbsp; Molec. Biol., Uppsala University. &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:&nbsp; +46184714205. &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;spoel@xray.bmc.uu.se&nbsp;&nbsp;&nbsp; http://folding.bmc.uu.se &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;-- &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;gmx-developers mailing list &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;gmx-developers@gromacs.org &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use  &gt; the www &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;interface or send it to gmx-developers-request@gromacs.org. &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;-- &gt; &gt;&gt;&gt;gmx-developers mailing list &gt; &gt;&gt;&gt;gmx-developers@gromacs.org &gt; &gt;&gt;&gt;http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers &gt; &gt;&gt;&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use  &gt; thewww interface &gt; &gt;&gt;&gt;or send it to gmx-developers-request@gromacs.org. &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;--  &gt; &gt;David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology &gt; &gt;Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University. &gt; &gt;Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:        +46184714205. &gt; &gt;spoel@xray.bmc.uu.se&nbsp;&nbsp;&nbsp; http://folding.bmc.uu.se &gt; &gt;--  &gt; &gt;gmx-developers mailing list &gt; &gt;gmx-developers@gromacs.org &gt; &gt;http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers &gt; &gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www &gt; &gt;interface or send it to gmx-developers-request@gromacs.org. &gt;  &gt;  &gt;  &gt; --  &gt; gmx-developers mailing list &gt; gmx-developers@gromacs.org &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use thewww  &gt; interface or send it to gmx-developers-request@gromacs.org.