----- Original Message ----- From: David van der Spoel &lt;spoel@xray.bmc.uu.se&gt; Date: Tuesday, June 8, 2010 22:47 Subject: Re: [gmx-developers] rename all gromacs programs? To: Discussion list for GROMACS development &lt;gmx-developers@gromacs.org&gt; &gt; On 6/8/10 2:01 PM, chris.neale@utoronto.ca wrote: &gt; &gt;Perhaps also add a --link-old-names option to the makefile that would &gt; &gt;automatically, for example, "ln -s g_trjconv trjconv" for users  &gt; that for &gt; &gt;some reason can't update their scripts? &gt; &gt; &gt;  &gt; Hm, we want to make stuff simpler to maintain, not more complex,  &gt; so it would be good to not mess up makefiles even more. Therefor  &gt; I'd rather provide a script than modify makefiles for this. Yes. As a side reason for choosing "g_" rather than "gmx_", Jussi's RPMs use "g_" to prefix some of the tools whose executables namesclash with other packages. Should gmxdump and gmxcheck become g_dump and g_check? mdrun become g_mdrun? Mark &gt; &gt;Quoting "Esztermann, Ansgar" &lt;Ansgar.Esztermann@mpi-bpc.mpg.de&gt;: &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;On Jun 7, 2010, at 17:23 , David van der Spoel wrote: &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;Two possibilities are more obvious than others: &gt; &gt;&gt;&gt;1. g_XXX &gt; &gt;&gt;&gt;2. gmx_XXX &gt; &gt;&gt; &gt; &gt;&gt;I posit that shorter is better, so I'd go for 1. &gt; &gt;&gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt;&gt;A. &gt; &gt;&gt;-- &gt; &gt;&gt;Ansgar Esztermann &gt; &gt;&gt;DV-Systemadministration &gt; &gt;&gt;Max-Planck-Institut für biophysikalische Chemie, Abteilung 105 &gt; &gt;&gt; &gt; &gt;&gt;-- &gt; &gt;&gt;gmx-developers mailing list &gt; &gt;&gt;gmx-developers@gromacs.org &gt; &gt;&gt;http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers &gt; &gt;&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the &gt; &gt;&gt;www interface or send it to gmx-developers-request@gromacs.org. &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;  &gt;  &gt; --  &gt; David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology &gt; Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University. &gt; Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:        +46184714205. Fax: +4618511755. &gt; spoel@xray.bmc.uu.se        spoel@gromacs.org&nbsp;&nbsp;  &gt; http://folding.bmc.uu.se--  &gt; gmx-developers mailing list &gt; gmx-developers@gromacs.org &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the  &gt; www interface or send it to gmx-developers-request@gromacs.org.