----- Original Message ----- From: "Justin A. Lemkul" &lt;jalemkul@vt.edu&gt; Date: Thursday, June 10, 2010 7:28 Subject: Re: [gmx-developers] Fwd: renaming Gromacs binaries To: Discussion list for GROMACS development &lt;gmx-developers@gromacs.org&gt; &gt;  &gt;  &gt; chris.neale@utoronto.ca wrote: &gt; &gt;I haven't experienced any naming problems (is there really  &gt; another tool called grompp?), but I suppose that if people are,  &gt; then that is a strong argument in favour of changing the names. &gt; &gt; &gt;  &gt; I would think that the more unique programs don't present a  &gt; problem, so avoiding renaming a bunch of essential programs  &gt; would be nice.&nbsp; The bugzilla is complaining about programs  &gt; like luck, wheel, highway, etc.&nbsp; Shouldn't the focus be on  &gt; those programs, such that the core programs that most users  &gt; employ for typical workflows simply be left alone?&nbsp; I know  &gt; I wouldn't be hard pressed if luck all of a sudden became g_luck  &gt; - I don't tend to use these in any sort of scripts...or ever :) &gt;  &gt; Just my $0.02.&nbsp; Maybe there really is a problem, but as  &gt; Chris said, are grompp, mdrun, etc. really getting in the way? I like this suggestion. Move the problem executables now (to g_name, or the rubbish - what is highway good for?), and defer more far-reaching changes to 5.0. If grompp might be going away, per Erik's threat, then scripts will mostly be breaking anyway at that time. Mark &gt; &gt;The converse argument: I compile the gromacs that is used by a  &gt; number of people. Since I am aware of this name changing, I will  &gt; create my own links so that users can access files as they used  &gt; to. However, not all people who compile gromacs read this list  &gt; and could end up getting annoyed with the "why did my scripts  &gt; stop working?" emails that they are bound to get. &gt; &gt; &gt; &gt;Here's an example of how the non-existence of mdrun could spell  &gt; disaster (and did for me recently): &gt; &gt; &gt; &gt;STARTTIME=$(date +%s) &gt; &gt;for((;;)); do &gt; &gt;&nbsp; THISTIME=$(date +%s) &gt; &gt;&nbsp; stoprunning=$(echo "(${THISTIME} - ${STARTTIME})/3600 &gt;  &gt; 40"|bc -l) &gt; &gt;&nbsp; if((stoprunning)); then &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; break &gt; &gt;&nbsp; fi &gt; &gt;&nbsp; cp md1.cpt backup_md1.cpt.${RANDOM} &gt; &gt; &gt; &gt;&nbsp; mdrun -maxh 6 ... &gt; &gt;&nbsp; #analyze the .xtc &gt; &gt;&nbsp; #trjconv -dt 50 the .xtc &gt; &gt;&nbsp; #rm the original .xtc &gt; &gt;done &gt; &gt; &gt; &gt;This is taken from a real script of mine that I really used to  &gt; accidentally crash a GPFS filesystem a few days ago. The cp  &gt; md1.cpt backup_md1.cpt.${RANDOM} line is intended to avoid  &gt; bugzilla 390. &gt; &gt; &gt; &gt;If the mdrun command doesn't work, then what you get is not  &gt; nice checkpointing and analysis on the fly, but instead you copy  &gt; the .cpt file to a new name every second or so for 40 hours.  &gt; Submit a few of these at once and the load is too much for the  &gt; filesystem to handle. &gt; &gt; &gt; &gt;So changing scripts should be easy, but the consequences are  &gt; not always obvious -- especially when many users use scripts  &gt; written by somebody else int heir group. &gt; &gt; &gt; &gt;Note: I got an email failure trying to send this a minute ago,  &gt; so I appologize if this is the second such email. &gt; &gt; &gt; &gt;Chris. &gt; &gt; &gt; &gt;Quoting David van der Spoel &lt;spoel@xray.bmc.uu.se&gt;: &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;On 2010-06-09 01.50, hess@sbc.su.se wrote: &gt; &gt;&gt;&gt;Hi, &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;I agree with Erik on all points. &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;I also agree on the preference for g_... &gt; &gt;&gt;&gt;Not only because it is shorter, but also because this causes &gt; &gt;&gt;&gt;the least changes. &gt; &gt;&gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt;&gt;And what about those voices (Chris Neale, Peter Kasson) that are &gt; &gt;&gt;vehemently against changing names? &gt; &gt;&gt; &gt; &gt;&gt;There is one serious problem with changing names, and changing  &gt; all your &gt; &gt;&gt;scripts, and that is that it becomes difficult to compare to older &gt; &gt;&gt;versions of gromacs (unless you also change names of binaries  &gt; in old &gt; &gt;&gt;gromacs installations). &gt; &gt;&gt; &gt; &gt;&gt;I'm happy to provide a simple perl script for patching scripts  &gt; if that &gt; &gt;&gt;is of any comfort - personally I think that is the way to go. &gt; &gt;&gt; &gt; &gt;&gt;Chris, Peter, more comments? &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;Berk &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;Hi, &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;I don't really have any super-strong opinion, since we  &gt; usually use AFS and &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;have separate modules for versions, etc., However: &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;1. We can have arbitrary prefix/suffix modifiers, but let's  &gt; not do &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;anything more complex (that will be a pain to implement both  &gt; in autoconf &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;and cmake) &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;2. I'm a bit hesitant to do any large changes at this point,  &gt; since we're &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;gearing up for some major rearrangements as soon as we've  &gt; pushed out the &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;4.5 release. We might make grompp optional, use a new tool  &gt; for fixing up &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;structures, merge/change analysis tools, and then it also  &gt; seems natural to &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;decide on a new well-designed naming scheme at that point? &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;3. Long-term, I think we need to decide: Either we have a  &gt; _small_ number &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;of programs that get installed e.g. in /usr/local/bin, or a  &gt; larger number &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;in a separate directory. &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;4. If I had to choose, my preference would be towards g_XXX  &gt; right now... &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;Cheers, &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;Erik &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;On Jun 8, 2010, at 7:35 PM, David van der Spoel wrote: &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;-------- Original Message -------- &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;Subject: renaming Gromacs binaries &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;Date: Tue, 8 Jun 2010 08:00:57 -0700 &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;From: Peter Kasson&lt;kasson@gmail.com&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;Reply-To: kasson@stanford.edu &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;To: David van der Spoel&lt;spoel@xray.bmc.uu.se&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;Hi David, &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; I'd put in a strong vote for having an easy way to  &gt; maintain the &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;current naming scheme if desired (although it might not be the &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;default).&nbsp; There are a lot of scripts out there that  &gt; will get broken, &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;etc... &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;Thanks, &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;--Peter &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;--  &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;gmx-developers mailing list &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;gmx-developers@gromacs.org &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use  &gt; the www &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;interface or send it to gmx-developers-request@gromacs.org. &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;---------------------------------------------------------- &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;Erik Lindahl&lt;lindahl@cbr.su.se&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;Professor, Computational Structural Biology &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;Center for Biomembrane Research&amp;&nbsp; Swedish e-Science  &gt; Research Center &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;Department of Biochemistry&amp;&nbsp; Biophysics, Stockholm University &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;Tel: +468164675 Cell: +46703844534 &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;--  &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;gmx-developers mailing list &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;gmx-developers@gromacs.org &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;www interface or send it to gmx-developers-request@gromacs.org. &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt;&gt;--  &gt; &gt;&gt;David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology &gt; &gt;&gt;Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University. &gt; &gt;&gt;Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:&nbsp;&nbsp;&nbsp;  &gt; +46184714205.&gt;&gt;spoel@xray.bmc.uu.se&nbsp;&nbsp;&nbsp;  &gt; http://folding.bmc.uu.se&gt;&gt;--  &gt; &gt;&gt;gmx-developers mailing list &gt; &gt;&gt;gmx-developers@gromacs.org &gt; &gt;&gt;http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers &gt; &gt;&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www &gt; &gt;&gt;interface or send it to gmx-developers-request@gromacs.org. &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;  &gt; --  &gt; ======================================== &gt;  &gt; Justin A. Lemkul &gt; Ph.D. Candidate &gt; ICTAS Doctoral Scholar &gt; MILES-IGERT Trainee &gt; Department of Biochemistry &gt; Virginia Tech &gt; Blacksburg, VA &gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080 &gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin &gt;  &gt; ======================================== &gt; --  &gt; gmx-developers mailing list &gt; gmx-developers@gromacs.org &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the  &gt; www interface or send it to gmx-developers-request@gromacs.org.