<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jun 30, 2010 at 8:31 PM, Shirts, Michael (mrs5pt) <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mrs5pt@eservices.virginia.edu">mrs5pt@eservices.virginia.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

<br>
Just out of curiosity, what profiler are you using?  Just gprof?  Just<br>
interested in when I run my own profiling.<br></blockquote><div><br></div><div>For this kind of profiling I like hpctoolkit (<a href="http://hpctoolkit.org/">http://hpctoolkit.org/</a>). It is more similar to Shark (only for Mac) than gprof. It uses a sampling based approach and can give you performance per line not only per function as with gprof. It also can tell you flop count and cache misses per program line (using PAPI). And it hardly has any overhead. The disadvantage is that it is difficult to install.</div>

<div><br></div><div>For parallel profiling I use craypat (only for Cray), MPIP (only MPI), Scalasca or Tau depending on what I want to look at.</div><div><br></div><div>Roland</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">


<div class="im"><br>
&gt; If you are interested I can run it with profiling to see which code lines<br>
&gt; cause the difference.<br>
<br>
</div>~~~~~~~~~~~~<br>
Michael Shirts<br>
Assistant Professor<br>
Department of Chemical Engineering<br>
University of Virginia<br>
<a href="mailto:michael.shirts@virginia.edu">michael.shirts@virginia.edu</a><br>
(434)-243-1821<br>
<font color="#888888"><br>
--<br>
</font><div><div></div><div class="h5">gmx-developers mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov">cmb.ornl.gov</a><br>865-241-1537, ORNL PO BOX 2008 MS6309<br>