<br><br>----- Original Message -----<br>From: Berk Hess &lt;hess@cbr.su.se&gt;<br>Date: Tuesday, August 3, 2010 1:40<br>Subject: [gmx-developers] Gromacs pdb formatting<br>To: Discussion list for GROMACS development &lt;gmx-developers@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; Hi,<br>&gt; <br>&gt; We are trying to make Gromacs write more correct pdb output.<br>&gt; The current 4.5 beta writes TER after every molecule, but that's <br>&gt; too much.<br>&gt; The next beata will write TER after protein, dna or rna chains and<br>&gt; mutiple residue molecules.<br>&gt; <br>&gt; But atoms in other molecules, such as water and ions should be written<br>&gt; in HETATM fields,<br>&gt; not ATOM as Gromacs has always done and currently still does.<br>&gt; <br>&gt; All Gromacs programs read HETATM just like ATOM.<br>&gt; I myself would have to update some of my personal scripts to <br>&gt; also read ATOM.<br>&gt; <br>&gt; Before changing such a common output file format, we would like <br>&gt; to ask<br>&gt; the opinion of the users<br>&gt; on the change from ATOM to HETATM.<br><br>Following external standards always seems like a good idea to me. Updating 3rd-party scripts to regexp-match (?:ATOM&nbsp; |HETATM) (or whatever) seems a simple enough change to demand.<br><br>Mark