<br><br>----- Original Message -----<br>From: Alexey Shvetsov &lt;alexxyum@gmail.com&gt;<br>Date: Wednesday, August 25, 2010 20:18<br>Subject: [gmx-developers] Residue renaming<br>To: Discussion list for GROMACS development &lt;gmx-developers@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; Hi all!<br>&gt; <br>&gt; Seems pdb2gmx started renaming HIS residues to HISE HISD and <br>&gt; HISH. So<br>&gt; in latest build with amberff&nbsp; i started getting this<br>&gt; <br>&gt; -------------------------------------------------------<br>&gt; Program pdb2gmx, VERSION 4.5-beta3-20100825-ea694aa-dirty<br>&gt; Source code file: ../../../gromacs-4.5.9999/src/kernel/resall.c, <br>&gt; line: 552<br>&gt; <br>&gt; Fatal error:<br>&gt; Residue 'HISE' not found in residue topology database<br>&gt; For more information and tips for troubleshooting, please check <br>&gt; the GROMACS<br>&gt; website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors<br>&gt; -------------------------------------------------------<br><br>What's the problem? If your input file uses HISE, then you'll need to adapt to the fact that the AMBER .rtp files all use HID/HIP/HIE. Unfortunately there are no standard naming treatments for the histidine variants.<br><br>Mark