----- Original Message ----- From: David van der Spoel &lt;spoel@xray.bmc.uu.se&gt; Date: Wednesday, August 25, 2010 23:58 Subject: [gmx-developers] Git master broken To: Discussion list for GROMACS development &lt;gmx-developers@gromacs.org&gt; &gt; Hi, &gt;  &gt; it seems that git master is broken. Try the following: &gt;  &gt; mkdir koko &gt; cd koko/ &gt; git clone git@git.gromacs.org:gromacs &gt; git checkout -t origin/release-4-5-patches &gt; git merge release-4-5-patches That just worked fine for me. I get your symptoms if I do "git checkout master" before the merge, whether or not I checkout release-4-5-patches. Christoph Jungan's merge commit on master dated Monday (5e3473a12) is not a simple merge commit (see git log -p). I'm not sure how he managed to do what he did, but I guess he started a merge from some not-quite-right starting point, had conflicts, didn't realise he'd not commited the merge result, did his edit, then committed. To fix, someone will have to manually resolve the conflicts. Mark &gt; less include/resall.h &gt; &lt;&lt;&lt;&lt;&lt;&lt;&lt; HEAD &gt; t_restp *search_rtp(const char *key,int nrtp,t_restp rtp[]); &gt; /* Search for an entry in the rtp database */ &gt; ======= &gt; char *search_rtp(const char *key,int nrtp,t_restp rtp[]); &gt; /* Search for an entry in the rtp database, returns the rtp  &gt; residue name. &gt; &nbsp;* A mismatch of one character is allowed, if there is only  &gt; one nearly &gt; &nbsp;* matching entry in the database, a warning will be generated. &gt; &nbsp;*/ &gt;  &gt; t_restp *get_restp(const char *rtpname,int nrtp,t_restp rtp[]); &gt; /* Return the entry in the rtp database with rtp name rtpname. &gt; &nbsp;* Generates a fatal error when rtpname is not found. &gt; &nbsp;*/ &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; release-4-5-patches &gt;  &gt; And a few more conflicts. &gt;  &gt; Any clue how to fix this? &gt;  &gt;  &gt; --  &gt; David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology &gt; Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University. &gt; Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:        +46184714205. &gt; spoel@xray.bmc.uu.se&nbsp;&nbsp;&nbsp; http://folding.bmc.uu.se &gt; --  &gt; gmx-developers mailing list &gt; gmx-developers@gromacs.org &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the  &gt; www interface or send it to gmx-developers-request@gromacs.org.