&gt; People in the Lindahl group are working on parallellizing <br>&gt; analysis tools because they are quickly becoming the bottleneck. <br>&gt; We run simulations of large systems on hundreds of processors, <br>&gt; and due to checkpointing this can be done largely unattended. <br><br>If so, then an important issue to address is using MPI2 parallel IO properly. At the moment, for DD, mdrun collects vectors for I/O on the master and writes them out in serial. Proper use of parallel I/O might be worth the investment in restructuring the output. Maintaining the DD processor-local file view suited for I/O of the local atoms is probably not any more complex than the existing contortions that are gone through to gather global vectors. Likewise, a parallel analysis tool will often wish to be doing its I/O  in parallel.<br><br>We would probably wish to write our own data representation conversion functions to hook into MPI_File_set_view so that we can read/write our standard XDR formats in parallel. (Unless, of course, the existing "external32" representation can be made to do the job.) <br><br>Mark