Hi, I've fixed g_chi in release-4-5-patches per discussion. The fix is not a simple patch, so before 4.5.2, I encourage people to access the git repository and use g_chi from a build done from that. Mark ----- Original Message ----- From: Berk Hess &lt;hess@cbr.su.se&gt; Date: Tuesday, September 21, 2010 19:10 Subject: Re: [gmx-developers] fatal error in g_chi To: gmx-developers@gromacs.org      <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type"> <table><tbody><tr><td text="#000000" bgcolor="#ffffff"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt;  Hi,  <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt;  <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt;  I filed a bugzilla, so we don't forget to fix this for 4.5.2. <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt;  Since Mark mentioned he has a fix, I assigned it to him.  <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt;  <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt;  Berk  <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt;  <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt;  On 09/21/2010 10:56 AM, Mark Abraham wrote: <blockquote cite="mid:fbd3b9ab559df.4c98ffd3@anu.edu.au" type="cite">    <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt;  <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt;  ----- Original Message ----- <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt;  From: Carlo Camilloni <a href="javascript:main.compose('new', 't=carlo.camilloni@gmail.com')">&lt;carlo.camilloni@gmail.com&gt;</a> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt;  Date: Tuesday, September 21, 2010 18:45 <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt;  Subject: [gmx-developers] fatal error in g_chi <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt;  To: <a href="javascript:main.compose('new', 't=gmx-developers@gromacs.org')">gmx-developers@gromacs.org</a>    <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt;           <table>     <tbody>       <tr>         <td style="word-wrap: break-word;">         <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; &gt;         Dear Gromacs Developers,&nbsp;          <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; &gt;                   <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; &gt;         while using the g_chi tool in gromacs 4.5.1 I got          <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; &gt;         this error:          <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; &gt;                   <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; &gt;         Fatal error:          <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; &gt;         Library file in current dir nor &nbsp;not found aminoacids.datin your GMXLIB path.          <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; &gt;         For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS          <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; &gt;         website at&nbsp;<a moz-do-not-send="true" href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors" target="1">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a>          <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; &gt;                   <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; &gt;         other tools, I tested grompp, pdb2gmx, editconf, genbox and g_gyrate, work fine, and my GMXLIB variable          <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; &gt;         points to the /wheregromacsis/share/gromacs/top dir of gromacs.         </td>       </tr>     </tbody>   </table>       <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt;  Yes, g_chi is buggy because when GROMACS shifted to the use of residuetypes.dat, this tool was not updated. I do have half a fix lying around, and will see what its status is tomorrow.    <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt;  <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt;  Mark </blockquote>   </td></tr></tbody></table>  &gt; --  &gt; gmx-developers mailing list &gt; gmx-developers@gromacs.org &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the  &gt; www interface or send it to gmx-developers-request@gromacs.org.