<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    On 10/12/2010 06:49 PM, Lee-Ping Wang wrote:
    <blockquote cite="mid:006e01cb6a2d$7b63c600$722b5200$@edu"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      <meta name="Generator" content="Microsoft Word 12 (filtered
        medium)">
      <style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:Wingdings;
        panose-1:5 0 0 0 0 0 0 0 0 0;}
@font-face
        {font-family:SimSun;
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:"\@SimSun";
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.MsoListParagraph, li.MsoListParagraph, div.MsoListParagraph
        {mso-style-priority:34;
        margin-top:0in;
        margin-right:0in;
        margin-bottom:0in;
        margin-left:.5in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
 /* List Definitions */
 @list l0
        {mso-list-id:1526476328;
        mso-list-type:hybrid;
        mso-list-template-ids:452617324 -1530779754 67698691 67698693 67698689 67698691 67698693 67698689 67698691 67698693;}
@list l0:level1
        {mso-level-start-at:0;
        mso-level-number-format:bullet;
        mso-level-text:-;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-.25in;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        mso-fareast-font-family:SimSun;}
ol
        {margin-bottom:0in;}
ul
        {margin-bottom:0in;}
-->
</style><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapelayout v:ext="edit">
  <o:idmap v:ext="edit" data="1" />
 </o:shapelayout></xml><![endif]-->
      <div class="WordSection1">
        <p class="MsoNormal">Hi there,<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">For the past few months, I&#8217;ve been adding a
          charge equilibration
          model to GROMACS (to be specific, QTPIE &#8211; a refinement of
          QEq).&nbsp; For
          the model to work properly, each atom must &#8220;see&#8221; each other
          atom in
          the electrostatic interaction (it is a screened Coulomb
          interaction). &nbsp;This
          is easy enough to do with pbc = no; I just set all the cutoffs
          to zero, and add
          a new neighbor-list that includes excluded atom pairs.</p>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Since we'd be interested in that, I would appreciate if you can keep
    us informed of your progress.<br>
    <br>
    <blockquote cite="mid:006e01cb6a2d$7b63c600$722b5200$@edu"
      type="cite">
      <div class="WordSection1">
        <p class="MsoNormal"><o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Now I would like to run the simulation with
          PBC turned on,
          which means either implementing Ewald summation or using
          cutoffs for the
          electrostatic interaction.&nbsp; When cutoffs are turned on (with
          or without
          PBC), the model goes haywire even with very long cutoff
          lengths.&nbsp; I haven&#8217;t
          implemented Ewald summation for the screened Coulomb
          interaction, and I&#8217;m
          not sure if it&#8217;s worth the effort if an easier fix is
          possible.</p>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    If I recall correctly, the screened Coulomb here means the overlap
    integral between s-type Slater functions. This interaction behave as
    a normal coulomb at large distances, so that coudl explain the
    issues with increasing the cut-off. But an Ewald expression will be
    difficult as well, since&nbsp; the all pairs-wise interactions are
    required to compute the charge flow parameters. I have so far only
    seen it applied to molecules. For non bonded system like a box of
    water, a direct charge flow between atoms far apart is unlikely
    though. Could one not simply scale also the charge transfer
    variables to zero with distance as well?<br>
    <blockquote cite="mid:006e01cb6a2d$7b63c600$722b5200$@edu"
      type="cite">
      <div class="WordSection1">
        <p class="MsoNormal"><o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">As a quick fix, I changed the simple
          neighbor-searching code
          to set rcut = 1000000 when QTPIE is turned on.<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">I am worried about the other possible
          consequences of my change;
          will this adversely affect the molecular dynamics or create
          artifacts in some
          unexpected way?&nbsp; </p>
      </div>
    </blockquote>
    You will get the ordinary artefacts caused by cutoff, like ordering
    etc.<br>
    <o:p></o:p>
    <blockquote cite="mid:006e01cb6a2d$7b63c600$722b5200$@edu"
      type="cite">
      <div class="WordSection1">
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>