Hi, <br><br>Are these all 32bit systems you are talking about? I didn&#39;t have the time to try to reproduce your crashes on 32bit yet, but if what you are experiencing is all happening (and reproducible) on 32bit, this should really be sorted out. However, as the heap of information-fragments the previous mails provide is quite confusing, I&#39;d like to ask you to provide a _concise_, but _detailed enough_ summary of which OS/gcc/glibc combination(s) fails for you. This is my list:<br>
  <br><div><font class="Apple-style-span" face="&#39;courier new&#39;, monospace"><span class="Apple-style-span" style="font-size: x-small;">OS<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">                        </span>| gcc <span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span>| glibc<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span></span></font><span class="Apple-style-span" style="font-family: &#39;courier new&#39;, monospace; font-size: x-small; "><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: &#39;courier new&#39;, monospace; font-size: x-small; "><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: &#39;courier new&#39;, monospace; font-size: x-small; ">| Works?</span></div>
<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"><div><font class="Apple-style-span" face="&#39;courier new&#39;, monospace"><span class="Apple-style-span" style="font-size: x-small;">------------------------------------------------------------------</span></font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="&#39;courier new&#39;, monospace"><span class="Apple-style-span" style="font-size: x-small;">Ubuntu 10.04 x86_64<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>| 4.4.3<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>| 2.11.1(-0ubuntu7.5)<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>| YES</span></font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="&#39;courier new&#39;, monospace"><span class="Apple-style-span" style="font-size: x-small;">Ubuntu 9.10 x86_64<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>| 4.1.3<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>| 2.10.11(</span></font><span class="Apple-style-span" style="font-family: &#39;courier new&#39;, monospace; font-size: x-small; "><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">-0ubuntu18</span>)</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: &#39;courier new&#39;, monospace; font-size: x-small; "><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: &#39;courier new&#39;, monospace; font-size: x-small; ">| </span><span class="Apple-style-span" style="font-family: &#39;courier new&#39;, monospace; font-size: x-small; ">YES</span></div>
<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"><div><font class="Apple-style-span" face="&#39;courier new&#39;, monospace"><span class="Apple-style-span" style="font-size: x-small;">CentOS 5.3 x86_64<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span>| 4.4.1<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span>| 2.5</span></font><span class="Apple-style-span" style="font-family: &#39;courier new&#39;, monospace; font-size: x-small; "><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: &#39;courier new&#39;, monospace; font-size: x-small; "><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: &#39;courier new&#39;, monospace; font-size: x-small; "><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span>| </span><span class="Apple-style-span" style="font-family: &#39;courier new&#39;, monospace; font-size: x-small; ">YES</span></div>
<div><span class="Apple-style-span" style="font-family: &#39;courier new&#39;, monospace; font-size: x-small; "></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: &#39;courier new&#39;, monospace; font-size: x-small; ">CentOS 5.5 x86_64<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span>| 4.4.1<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span>| 2.5(49.el5_5.2)<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span>| YES</span></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="&#39;courier new&#39;, monospace"><span class="Apple-style-span" style="font-size: x-small;"><br></span></font><br></div><div>Also, please attach a representative config.log!<br><br>
Cheers,<br>--<br>Szilárd<br><br><br><br>On Tue, Oct 26, 2010 at 4:54 PM, Anton Feenstra &lt;<a href="mailto:feenstra@few.vu.nl">feenstra@few.vu.nl</a>&gt; wrote:<br>&gt; Hi!<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; Further checking: I&#39;ve compiled &amp; run on suze 11.3 (latest) and 11.2 and<br>
&gt; ubuntu lucid (10.4) and maverick (10.10).<br>&gt;<br>&gt; In short, mdrun fails with coredump on tutor/water on lucid (glibc-2.11.1),<br>&gt; with gcc version (4.4.3), but runs without problems with gcc 4.1.3, 4.3.4.<br>
&gt; It also fails, as reported earlier, on karmic (9.10) with gcc 4.4.1 and<br>&gt; glibc2.10.1.<br>&gt;<br>&gt; While mdrun runs with no problems on maverick (libc-2.12.1) independent of<br>&gt; gcc version (4.1.3, 4.3.5, 4.4.5) as well as suze 11.3 with gcc 4.5.0<br>
&gt; (glibc2.11.2) or suze 11.2 with gcc 4.4.1 (glibc2.10.1)<br>&gt;<br>&gt; Does this make sense to anybody? (not to me at this moment... ;-(<br>&gt; Any other things that we should check and/or report?<br>&gt;<br>&gt;<br>
&gt; --<br>&gt; Groetjes,<br>&gt;<br>&gt; Anton<br>&gt;  _____________ _______________________________________________________<br>&gt; |             |                                                       |<br>&gt; |  _   _  ___,| K. Anton Feenstra                                     |<br>
&gt; | / \ / \&#39;| | | IBIVU/Bioinformatics - Free University  Amsterdam     |<br>&gt; |(   |   )| | | De Boelelaan 1083A - 1081 HV Amsterdam - Netherlands  |<br>&gt; | \_/ \_/ | | | Tel +31 20 59 87783 - Fax +31 20 59 87653 - Room P136 |<br>
&gt; |             | <a href="mailto:Feenstra@few.vu.nl">Feenstra@few.vu.nl</a> - <a href="http://www.few.vu.nl/~feenstra/">www.few.vu.nl/~feenstra/</a>         |<br>&gt; |             | &quot;Rub It Right Accross Your Eyes&quot; (F. Zappa)           |<br>
&gt; |_____________|_______________________________________________________|<br>&gt;<br><br></div>