<div>Hi Berk,</div><div><br></div><div>Thanks for the quick reaply.</div>At the moment I have a test system with 5 atoms, defined with different atomtypes in the topology (and in the forcefield).<div>Their values for the typeA variable change as I modify the LJ parameters (the ones with the same parameters have the same typeA value). So typeA is not a direct reference to the atomtypes as defined in the topology, which is what I&#39;m looking for.</div>

<div><br></div><div>Leo.</div><div><br><div class="gmail_quote">2010/12/13 Berk Hess <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:hess@cbr.su.se">hess@cbr.su.se</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

Hi,<br>
<br>
t_mdatoms contains an array typeA which contains the atom types.<br>
<br>
But any type of (pairwise) non-bonded interaction that depends linearly<br>
on the charges<br>
and/or LJ parameters can be passed through the user tables. This can be made<br>
atomtype specific using the energgrp and energygrp_table mdp options.<br>
So I think you wouldn&#39;t need to do any coding at all.<br>
<br>
Berk<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
On 12/13/2010 12:28 PM, Leo wrote:<br>
&gt; Hello,<br>
&gt;<br>
&gt; I am trying to implement a new non-bonded interaction in GROMACS that<br>
&gt; should only be applied to certain atom types.<br>
&gt; I already figured out how to modify the existing interactions and how<br>
&gt; to implement new forces, but I still don&#39;t know how to apply them only<br>
&gt; to a specific atom type. The t_mdatoms struct doesn&#39;t seem to include<br>
&gt; any atomnames or atomtypes variables, so I was wondering if I should<br>
&gt; include one (just copying it from t_atoms, in the same way as all the<br>
&gt; other variables are copied in the atoms2md() function) and use it to<br>
&gt; restrict the application of the new forces based on the atomtypes/names.<br>
&gt; It looks a bit complicated to handle the problem this way, so could<br>
&gt; you think of a better solution (e.g. using the parameters already<br>
&gt; available in the t_mdatoms struct)?<br>
&gt;<br>
&gt; Leonardo Garma<br>
&gt; Graduate Student<br>
&gt; University of Oulu<br>
&gt; Biochemistry Department<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
<br>
</div></div><font color="#888888">--<br>
gmx-developers mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
</font></blockquote></div><br></div>