Hi Berk,<div><br></div><div>Thanks for your answer. Ok, so tpic should be disregarding that internal energy and giving me what I said in the first e-mail (intermolecular energy between the inserted molecule and the rest of the system). The steepest is not. Still, I&#39;m surprised to get such a big difference from inserting a molecule with two atoms.</div>

<div><br></div><div>I ran a few more tests to check this out. First of all, I must correct a previous statement: I used g_energy because I was doing a -rerun when doing steep. Now I&#39;ve corrected that and I&#39;m running a real steep with nsteps=0 (that answers your question Javier, I think). I don&#39;t get an .edr from that, so I just use the potential energy output in the log file.</div>

<div><br></div><div>So, I inserted a two atom molecule in time=0 with nsteps=2 (two insertions in the same frame with different orientations). I got the dumped conformation with the epot from tpic. From those dumped conformations I ran the steep I mentioned. I got these results:</div>

<div><br></div><div>           |         tpic</div><div>step 0  |  1.82452e+08</div><div>step 1  |  1.33190e+08</div><div><br></div><div><div>           |     noligand      |       ligand      |   difference</div><div>step 0  |  -3.68255e+04 |  1.86556e+08 | 1.86593e+08</div>

<div>step 1  |  -3.68255e+04 |  1.36063e+08 |   1.361e+08</div></div><div><br></div><div><div>           |    difference - tpic</div><div>step 0  |       4.141e+06</div><div>step 1  |       2.910e+06</div></div><div><br>
</div>
<div>Why such a discrepancy in the internal energy between the two cases? Since the inserted molecule is the same, step 0 and step 1 should be equal in the last calculation, no?</div><div><br></div><div>For reference, the same calculation using just a CL- ion:</div>

<div><br></div><div><div>           |         tpic</div><div>step 0  |  1.00584e+07</div><div>step 1  |  9.52561e+06</div><div><br></div><div><div>           |     noligand      |       ligand      |   difference</div><div>

step 0  |  -3.68255e+04 |  1.00217e+07 | 1.00585e+08</div><div>step 1  |  -3.68255e+04 |  9.48887e+06 |   9.5257e+06</div></div><div><br></div><div><div>           |    difference - tpic</div><div>step 0  |           100</div>

<div>step 1  |            90</div></div></div><div><br></div><div>Once again, thank you for your answers, Berk and Javier.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Joćo</div><div><br><div class="gmail_quote">On Fri, Mar 4, 2011 at 8:30 AM, Berk Hess <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:hess@cbr.su.se">hess@cbr.su.se</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Hi,<br>
<br>
The energies reported by tpi and tpic are only the interaction energy of<br>
the inserted<br>
molecule with the rest of the system. If your inserted molecule has<br>
intra molecular<br>
energy terms these will not enter into the reported energies, whereas<br>
such contributions<br>
would appear in the difference you determined by subtracting the two<br>
results.<br>
<br>
 Berk<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
On 03/04/2011 03:31 AM, Joćo M. Damas wrote:<br>
&gt; Dear all,<br>
&gt;<br>
&gt; I have some questions about the energy calculated with the tpic<br>
&gt; integrator implemented in gromacs.<br>
&gt;<br>
&gt; I&#39;ve been using the GMX_TPI_DUMP and -debug options as well as looking<br>
&gt; into the code in order to figure this out.<br>
&gt;<br>
&gt; At some point, in the do_tpi function, the do_force function is called<br>
&gt; to do an energy calculation, with the objective of getting a epot<br>
&gt; (epot = enerd-&gt;term[F_EPOT]).<br>
&gt;<br>
&gt; My question is what is this epot? I&#39;m guessing it is the difference<br>
&gt; between the intermolecular energy of the state without the inserted<br>
&gt; molecule and the intermolecular energy of the state with the inserted<br>
&gt; molecule (which in this case would mean just the lennard-jones<br>
&gt; interactions). Am I right?<br>
&gt;<br>
&gt; I started doubting the meaning of this energy when I did the following<br>
&gt; test: with the dumped structure of the system with the inserted<br>
&gt; molecule and the structure of the system without the molecule, I ran a<br>
&gt; single steepest descent calculation to determine the potential energy<br>
&gt; for each one, and calculated the diference between them (even with<br>
&gt; g_energy), and the value was different from the one that was output in<br>
&gt; the dumped structure and debug mode (the epot in do_tpi). The<br>
&gt; values: 1.86593e+08 (for my test) vs. 182452256.000000 (of epot dumped<br>
&gt; from tpic), a difference of 4.14074e+06 kJ/mol.<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks in advance.<br>
&gt;<br>
&gt; Regards,<br>
&gt; Joćo<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; Joćo M. Damas<br>
&gt; PhD Student<br>
&gt; Protein Modelling Group<br>
&gt; ITQB-UNL, Oeiras, Portugal<br>
&gt; Tel:+351-214469613<br>
<br>
</div></div><font color="#888888">--<br>
gmx-developers mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Joćo M. Damas<br>PhD Student<br>Protein Modelling Group<br>ITQB-UNL, Oeiras, Portugal<br>Tel:+351-214469613<br>
</div>