Hi all:<br>&nbsp; &nbsp; I want to run a group of simulations which are weakly coupled, like REMD,but with different algorithm. I find there is a data structure called &#39;gmx_multisim_t&#39; whose definition is below:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; typedef struct {<br>
&nbsp; int nsim;<br>&nbsp; int sim;<br>&nbsp; MPI_Group mpi_group_masters;<br>&nbsp; MPI_Comm mpi_comm_masters;<br>&nbsp; /* these buffers are used as destination buffers if MPI_IN_PLACE isn&#39;t<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; supported.*/<br>&nbsp; mpi_in_place_buf_t *mpb;<br>
} gmx_multisim_t;<br><br>Then I have three questions:<br>1. If a command line is writen as for GROMACS 4.0 and a seires of input .tpr files is named as <code>&#39;prefix_0.tpr</code>, <code>prefix_1.tpr</code> ... <code>prefix_9.tpr</code>&#39;,<br>
[...] $ <code>mpirun -np 10 mdrun -s prefix_.tpr -multi&nbsp;</code><em>(number of steps)</em> <em>(followed by output options)</em><br>Are those simulation are mutually independent? ( Attention no -replex here !)<br>2. I know Gromacs from 4.0version have a ablility that each replica can be parallelly simulated. Then I want to know if they are intra-commucation for each replica and inter-communication between replicas.<br>
3. What is the means of&nbsp; &#39;nsim&#39;,&#39;sim&#39;,&#39;mpi_group_masters&#39; and &#39;mpi_comm_masters&#39;&nbsp; in the above structure?<br><br>Thank you for your <span class="enfont">patience£¡</span>